More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1413 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  100 
 
 		 587 aa  1205    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  46.79 
 
 		 593 aa  519  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  43.73 
 
 		 595 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  38.47 
 
 		 577 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  39.82 
 
 		 596 aa  410  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  38.91 
 
 		 575 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 575 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 581 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 575 aa  404  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 576 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 581 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 581 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 581 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  36.4 
 
 		 578 aa  343  4e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 622 aa  332  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 642 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  34.12 
 
 		 649 aa  296  7e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 610 aa  226  7e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  29.37 
 
 		 585 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  28.49 
 
 		 589 aa  199  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  28.93 
 
 		 613 aa  184  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  28.6 
 
 		 592 aa  177  6e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  33.57 
 
 		 585 aa  167  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.89 
 
 		 498 aa  132  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 495 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 405 aa  130  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 532 aa  128  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 317 aa  128  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 401 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 322 aa  124  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 482 aa  123  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 1774 aa  123  9e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  31.18 
 
 		 694 aa  123  9e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.45 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 220 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 316 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  38.76 
 
 		 327 aa  121  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 696 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 		 796 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  36.17 
 
 		 392 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 501 aa  119  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 532 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 476 aa  119  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 645 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 324 aa  118  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 686 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 659 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 540 aa  117  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 659 aa  117  5e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 614 aa  117  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  39.1 
 
 		 645 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 559 aa  117  6e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 227 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  38.46 
 
 		 690 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 796 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 490 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  38.42 
 
 		 796 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 570 aa  117  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 320 aa  117  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 574 aa  117  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 382 aa  116  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 329 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 800 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40.49 
 
 		 385 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 490 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 642 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.3 
 
 		 438 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  32.74 
 
 		 626 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 611 aa  116  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.69 
 
 		 320 aa  116  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 237 aa  116  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  35.75 
 
 		 431 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 317 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 680 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.95 
 
 		 827 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 317 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  30.13 
 
 		 604 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  37.2 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  28.54 
 
 		 628 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 355 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  33.5 
 
 		 413 aa  115  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 1099 aa  115  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 312 aa  115  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 631 aa  115  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 772 aa  114  3e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  39.63 
 
 		 1644 aa  115  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.25 
 
 		 642 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40 
 
 		 1000 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.59 
 
 		 457 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  41.88 
 
 		 307 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  41.88 
 
 		 306 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 398 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 574 aa  114  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 556 aa  114  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 357 aa  114  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 		 794 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 336 aa  113  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 517 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>