More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1244 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 578 aa  1182    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 576 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  35.46 
 
 		 595 aa  356  5e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  37.48 
 
 		 593 aa  355  2e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  37.73 
 
 		 577 aa  351  2e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 575 aa  346  7e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  35.59 
 
 		 596 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 575 aa  336  7.999999999999999e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 575 aa  335  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 587 aa  332  8e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 581 aa  326  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 581 aa  316  7e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 581 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 581 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  32.32 
 
 		 649 aa  279  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 642 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 622 aa  172  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  25.82 
 
 		 610 aa  169  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  26 
 
 		 585 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  28.15 
 
 		 592 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  28.35 
 
 		 585 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  25.64 
 
 		 589 aa  120  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  29.88 
 
 		 613 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.36 
 
 		 772 aa  113  7.000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  30.87 
 
 		 539 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 252 aa  103  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 318 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 		 610 aa  102  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  34.32 
 
 		 445 aa  100  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  36.42 
 
 		 498 aa  101  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 396 aa  101  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 321 aa  100  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 612 aa  98.6  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02031  response regulator  34.32 
 
 		 448 aa  97.4  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 556 aa  97.1  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.17 
 
 		 1076 aa  96.3  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.78 
 
 		 1073 aa  96.3  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 388 aa  96.7  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 495 aa  96.3  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.93 
 
 		 677 aa  95.9  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.42 
 
 		 669 aa  95.1  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 540 aa  95.1  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.74 
 
 		 901 aa  94.7  4e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 301 aa  94.7  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 753 aa  94.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 398 aa  94.4  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 586 aa  94.4  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 628 aa  94.4  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 476 aa  94.4  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.2 
 
 		 550 aa  94  7e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 796 aa  94  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  35.54 
 
 		 796 aa  94  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 		 684 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.612111  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 		 684 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261711  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 430 aa  93.2  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 796 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 329 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 532 aa  92.8  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 405 aa  93.2  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  33.33 
 
 		 1120 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 736 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  32.34 
 
 		 684 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00732829  unclonable  0.0000000000153183 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3413  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 		 684 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.341259  hitchhiker  0.0009308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 336 aa  92.8  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  35.58 
 
 		 334 aa  92  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 482 aa  92.4  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  32.68 
 
 		 690 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 422 aa  92.4  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 		 800 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1208  GGDEF domain-containing protein  32.34 
 
 		 684 aa  92  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 		 682 aa  92  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.59 
 
 		 419 aa  91.3  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.03 
 
 		 512 aa  91.7  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 357 aa  91.3  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  33.33 
 
 		 1105 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  37.34 
 
 		 431 aa  91.3  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  37.34 
 
 		 431 aa  91.3  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1034  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 		 674 aa  91.3  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20154  hitchhiker  0.000000435621 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 398 aa  91.3  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 		 684 aa  91.7  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0216958  hitchhiker  0.00000239027 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 		 684 aa  91.7  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10926  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  37.34 
 
 		 430 aa  91.3  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  33.53 
 
 		 680 aa  91.3  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  37.18 
 
 		 431 aa  90.9  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  37.34 
 
 		 430 aa  91.3  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  37.34 
 
 		 430 aa  91.3  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  37.34 
 
 		 430 aa  91.3  5e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  25.42 
 
 		 684 aa  90.9  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  34.55 
 
 		 323 aa  90.9  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  37.34 
 
 		 431 aa  90.9  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  37.34 
 
 		 430 aa  90.9  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  27.82 
 
 		 628 aa  90.9  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 382 aa  90.5  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2046  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 438 aa  90.5  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419907  normal  0.30363 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.22 
 
 		 438 aa  90.5  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  28.51 
 
 		 431 aa  90.5  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 460 aa  90.1  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 439 aa  90.1  9e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.74 
 
 		 677 aa  90.1  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 461 aa  89.7  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>