More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1526 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  100 
 
 		 622 aa  1274    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  60.97 
 
 		 642 aa  690    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 587 aa  317  6e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 593 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 575 aa  277  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  32.11 
 
 		 596 aa  271  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 581 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  34.79 
 
 		 575 aa  268  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 575 aa  267  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 581 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 577 aa  265  3e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 581 aa  263  6e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  32 
 
 		 581 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  47.08 
 
 		 595 aa  261  4e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 585 aa  224  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 576 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  39.35 
 
 		 649 aa  219  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 610 aa  204  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  29.44 
 
 		 589 aa  202  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  28.93 
 
 		 592 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  28.85 
 
 		 578 aa  172  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  28.67 
 
 		 585 aa  169  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  29.29 
 
 		 694 aa  156  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  26.35 
 
 		 613 aa  155  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 401 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 628 aa  128  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 495 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 532 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  26.12 
 
 		 628 aa  124  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 485 aa  123  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 307 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 459 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 431 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 645 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 432 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 405 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 517 aa  121  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 322 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 510 aa  120  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  39.24 
 
 		 645 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.75 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  29.25 
 
 		 498 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  37.35 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.83 
 
 		 312 aa  118  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 1037 aa  118  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 308 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 308 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 301 aa  117  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 		 482 aa  117  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 642 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 490 aa  117  7.999999999999999e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 696 aa  117  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 653 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.04 
 
 		 485 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.29 
 
 		 642 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 612 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 580 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 659 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 227 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 582 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 485 aa  115  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 486 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 317 aa  114  5e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 486 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.25 
 
 		 512 aa  114  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 486 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 432 aa  114  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 486 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 454 aa  114  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.18 
 
 		 457 aa  114  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 485 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 491 aa  114  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 758 aa  113  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 559 aa  113  9e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 941 aa  113  9e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 736 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 		 312 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  38.99 
 
 		 568 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 312 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.05 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 		 772 aa  113  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 485 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 424 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 320 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  35.67 
 
 		 334 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 316 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 329 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 		 797 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 391 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 391 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 1774 aa  112  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  36.88 
 
 		 431 aa  111  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  36.88 
 
 		 431 aa  111  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 477 aa  112  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  36.88 
 
 		 430 aa  111  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 1826 aa  112  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 379 aa  111  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 646 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>