More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0783 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 592 aa  1212    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  51.26 
 
 		 585 aa  558  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 610 aa  455  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  41.83 
 
 		 585 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 		 589 aa  375  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  34.75 
 
 		 613 aa  335  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  30.92 
 
 		 694 aa  226  8e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 577 aa  204  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 622 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  27.98 
 
 		 596 aa  195  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  29.37 
 
 		 575 aa  194  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  26.16 
 
 		 642 aa  193  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 595 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 575 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 575 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 581 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  27.95 
 
 		 581 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  27.95 
 
 		 581 aa  179  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  34.28 
 
 		 581 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  29.98 
 
 		 649 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  27.74 
 
 		 593 aa  167  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  28.6 
 
 		 587 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  27.61 
 
 		 576 aa  155  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  28.15 
 
 		 578 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 397 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 307 aa  130  9.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.93 
 
 		 550 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 		 407 aa  129  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 354 aa  128  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 485 aa  128  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 485 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  30.35 
 
 		 659 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 612 aa  125  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  36.57 
 
 		 548 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 559 aa  125  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 512 aa  124  5e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 769 aa  124  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 768 aa  123  8e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 391 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 391 aa  123  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.24 
 
 		 617 aa  123  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 336 aa  123  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 350 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  40.72 
 
 		 525 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 730 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 628 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 431 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 586 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 490 aa  121  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40 
 
 		 492 aa  121  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 570 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 486 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 487 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 317 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 542 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 317 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 321 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 625 aa  120  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  39.18 
 
 		 525 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 485 aa  120  7e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 611 aa  120  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 486 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 486 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 486 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  40 
 
 		 572 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  36.9 
 
 		 335 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 486 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 490 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 775 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 345 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 482 aa  119  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 1339 aa  118  3e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40.49 
 
 		 385 aa  118  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 496 aa  118  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  37.42 
 
 		 332 aa  118  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  34.93 
 
 		 498 aa  118  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.68 
 
 		 796 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 411 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  37.14 
 
 		 411 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 355 aa  118  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.36 
 
 		 1073 aa  118  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 491 aa  118  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  34.65 
 
 		 431 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 322 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 578 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 722 aa  117  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 411 aa  117  5e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 482 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.02 
 
 		 792 aa  117  5e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 300 aa  117  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.79 
 
 		 531 aa  117  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 627 aa  117  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.22 
 
 		 342 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 624 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 369 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.36 
 
 		 800 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 231 aa  117  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 492 aa  117  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>