More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1872 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  100 
 
 		 586 aa  1181    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 587 aa  307  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  36.87 
 
 		 584 aa  302  9e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  27.14 
 
 		 564 aa  160  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  27.05 
 
 		 564 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  26.83 
 
 		 558 aa  154  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  26.88 
 
 		 564 aa  152  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  26.66 
 
 		 564 aa  150  6e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2187  diguanylate cyclase  26.66 
 
 		 558 aa  150  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000194525  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1077  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  26.83 
 
 		 558 aa  150  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734609  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  49.43 
 
 		 612 aa  143  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 570 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 354 aa  141  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 		 730 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 314 aa  140  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 550 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  25.95 
 
 		 570 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 485 aa  139  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 474 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 464 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 508 aa  137  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 315 aa  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 564 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 314 aa  137  7.000000000000001e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  25.77 
 
 		 570 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 519 aa  136  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 322 aa  137  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  25.77 
 
 		 570 aa  136  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  25.77 
 
 		 570 aa  136  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  25.77 
 
 		 570 aa  136  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 322 aa  136  9e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 486 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  43.26 
 
 		 325 aa  136  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 310 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 351 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 438 aa  134  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 310 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 486 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 380 aa  133  7.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 486 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 486 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 261 aa  133  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 486 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 497 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 532 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  43.82 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.97 
 
 		 572 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.06 
 
 		 772 aa  132  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 304 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 753 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 324 aa  131  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 310 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 512 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 327 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 565 aa  131  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 492 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 492 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  46.41 
 
 		 454 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 501 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 372 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 517 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 681 aa  130  8.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  47.93 
 
 		 291 aa  130  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 507 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 308 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.61 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 736 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 454 aa  130  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  34.18 
 
 		 525 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 1774 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.02 
 
 		 316 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 501 aa  128  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 		 796 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 732 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 354 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 550 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.64 
 
 		 901 aa  128  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  42.55 
 
 		 413 aa  128  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  44.79 
 
 		 422 aa  128  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 252 aa  128  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 360 aa  128  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 422 aa  128  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 368 aa  128  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.77 
 
 		 525 aa  128  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 532 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 559 aa  127  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  38.84 
 
 		 243 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 659 aa  127  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 		 796 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 532 aa  127  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 935 aa  127  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 381 aa  127  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 1078 aa  127  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 794 aa  127  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 355 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>