More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2046 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2046  diguanylate cyclase  100 
 
 		 438 aa  863    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419907  normal  0.30363 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 426 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 381 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 391 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 391 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  35.96 
 
 		 435 aa  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 334 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 385 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 385 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 416 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  34.33 
 
 		 411 aa  120  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 385 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 401 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 322 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 469 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 559 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 400 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  35.71 
 
 		 400 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 281 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3875  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 400 aa  116  8.999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 363 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 542 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  34.18 
 
 		 621 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3663  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 362 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.622797  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 469 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  30.94 
 
 		 402 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  33.7 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 540 aa  114  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 389 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 363 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1650  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 472 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 408 aa  114  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2136  diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 315 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  31.87 
 
 		 472 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01479  predicted diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 315 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.25 
 
 		 772 aa  113  8.000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1722  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 472 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.396894  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01490  hypothetical protein  32.36 
 
 		 315 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.31 
 
 		 457 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 489 aa  113  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 401 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1604  diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 279 aa  112  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.608459  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 482 aa  113  9e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 489 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  32.37 
 
 		 625 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 460 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2124  diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 315 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0045948  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 577 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 325 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 581 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 581 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 389 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 581 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 581 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 563 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 382 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  33.48 
 
 		 551 aa  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 496 aa  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 680 aa  111  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 389 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 563 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 389 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 485 aa  111  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 459 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  42.24 
 
 		 420 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 555 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 426 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  35.53 
 
 		 684 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 492 aa  110  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 231 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 325 aa  110  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 486 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 491 aa  109  8.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3858  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 362 aa  109  9.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.870189  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 382 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 593 aa  109  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  34 
 
 		 390 aa  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 380 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 555 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  39.33 
 
 		 649 aa  109  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 363 aa  109  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 569 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 325 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 559 aa  107  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 261 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9505  GGDEF domain-containing protein  41.82 
 
 		 245 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.13 
 
 		 461 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 576 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  40.96 
 
 		 624 aa  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 646 aa  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 467 aa  107  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>