More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3875 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3875  diguanylate cyclase  100 
 
 		 400 aa  784    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 405 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 395 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 395 aa  153  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 384 aa  142  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 380 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 436 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 459 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 403 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  45.76 
 
 		 448 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  36.42 
 
 		 415 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  29.62 
 
 		 391 aa  133  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  29.62 
 
 		 391 aa  133  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  30.29 
 
 		 531 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 409 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.72 
 
 		 493 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 385 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 440 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 631 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 562 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 319 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 386 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 366 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 493 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  38.77 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  27.14 
 
 		 387 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 493 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.9 
 
 		 407 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 307 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.41 
 
 		 730 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 680 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  33.48 
 
 		 392 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 471 aa  124  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 425 aa  124  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 411 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  45 
 
 		 398 aa  123  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 411 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 438 aa  123  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  41.14 
 
 		 721 aa  123  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  40 
 
 		 408 aa  123  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 386 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 430 aa  122  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  47.56 
 
 		 510 aa  122  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  35.98 
 
 		 411 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 625 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  35.79 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 510 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.55 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 624 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1477  GGDEF domain-containing protein  33.06 
 
 		 407 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 469 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 625 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 625 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  42.26 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.64 
 
 		 625 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  48.6 
 
 		 437 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 411 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 		 505 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  42.16 
 
 		 402 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 474 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 547 aa  119  7.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 559 aa  119  9e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 553 aa  119  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 610 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 401 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 359 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  44.64 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 498 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 354 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 482 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 469 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.63 
 
 		 557 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.76 
 
 		 704 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 410 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 464 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 559 aa  117  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.76 
 
 		 713 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 492 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 383 aa  117  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 471 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  37 
 
 		 302 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 681 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>