More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0797 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 374 aa  777    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0398  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  57.7 
 
 		 327 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.137946  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0942  GGDEF domain-containing protein  58.03 
 
 		 335 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1412  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.36 
 
 		 339 aa  271  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1695  sensory box/GGDEF family protein  45.7 
 
 		 318 aa  270  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2841  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.7 
 
 		 342 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0625712 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1540  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.7 
 
 		 342 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.918796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1513  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.7 
 
 		 342 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.374714  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1504  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.7 
 
 		 342 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2582  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 339 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.929496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2649  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 339 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.437238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2757  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 339 aa  262  6e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  40.26 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01090  sensory box/GGDEF family protein  38.33 
 
 		 333 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0160657  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.78 
 
 		 890 aa  158  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.76 
 
 		 890 aa  155  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 344 aa  153  4e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 465 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  41.71 
 
 		 494 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.02 
 
 		 664 aa  145  9e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 660 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 660 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 503 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.15 
 
 		 463 aa  143  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 902 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.27 
 
 		 636 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 516 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.77 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 538 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.09 
 
 		 352 aa  139  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 315 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 732 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.3 
 
 		 546 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 518 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 620 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  44.51 
 
 		 488 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 510 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 732 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.2 
 
 		 648 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 510 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 510 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  41.32 
 
 		 507 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 313 aa  136  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 499 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  36.68 
 
 		 548 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 353 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 345 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.04 
 
 		 1262 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 422 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 453 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 498 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  39.88 
 
 		 480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 480 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 487 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 420 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 462 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  38.82 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.65 
 
 		 335 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 487 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 487 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 487 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 487 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  27.99 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 556 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 528 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 510 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 487 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 472 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 340 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 462 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.08 
 
 		 341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  29.8 
 
 		 540 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 415 aa  133  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 584 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 506 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 415 aa  133  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 648 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 398 aa  133  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 340 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 452 aa  133  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 452 aa  133  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.31 
 
 		 960 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 481 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 510 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 579 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>