More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1155 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1155  diguanylate cyclase  100 
 
 		 605 aa  1209    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.290971  normal  0.125636 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.76 
 
 		 596 aa  450  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  40.26 
 
 		 613 aa  427  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 594 aa  417  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 		 668 aa  240  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 646 aa  239  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.13 
 
 		 668 aa  238  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 1099 aa  229  1e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.39 
 
 		 663 aa  228  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.86 
 
 		 709 aa  227  4e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.94 
 
 		 728 aa  227  5.0000000000000005e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  36.88 
 
 		 609 aa  225  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.11 
 
 		 1079 aa  225  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  35.29 
 
 		 565 aa  217  5e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.48 
 
 		 555 aa  214  3.9999999999999995e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 494 aa  214  4.9999999999999996e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 494 aa  211  5e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 866 aa  208  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  37.81 
 
 		 563 aa  207  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  39.46 
 
 		 273 aa  195  3e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  34.34 
 
 		 583 aa  187  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 574 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 574 aa  184  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1298  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 576 aa  167  6.9999999999999995e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.135306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 608 aa  158  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.94 
 
 		 1073 aa  152  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 550 aa  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  51.23 
 
 		 377 aa  150  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 490 aa  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.89 
 
 		 353 aa  144  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.78 
 
 		 675 aa  144  4e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 485 aa  144  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 714 aa  143  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 517 aa  143  9e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  37.22 
 
 		 342 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 523 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 634 aa  142  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.87 
 
 		 558 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  36.68 
 
 		 1637 aa  142  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 485 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 485 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.24 
 
 		 324 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 398 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 353 aa  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.45 
 
 		 355 aa  137  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 486 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 485 aa  137  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 490 aa  137  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 486 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 486 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.25 
 
 		 505 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 486 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  37.5 
 
 		 1636 aa  135  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 		 485 aa  135  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 533 aa  135  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 540 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.39 
 
 		 710 aa  134  5e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  45.03 
 
 		 721 aa  134  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  41.58 
 
 		 603 aa  133  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 630 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 522 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 278 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 339 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  50.6 
 
 		 360 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 405 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 470 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 381 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.48 
 
 		 415 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.92 
 
 		 636 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 493 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 486 aa  131  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4221  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.4 
 
 		 543 aa  131  4.0000000000000003e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.363581  normal  0.801256 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 356 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 355 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 530 aa  131  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.34 
 
 		 664 aa  130  5.0000000000000004e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 659 aa  130  6e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 531 aa  130  7.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 493 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  43.64 
 
 		 305 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.12 
 
 		 323 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.05 
 
 		 493 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  33.92 
 
 		 371 aa  129  2.0000000000000002e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 372 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  39.38 
 
 		 977 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  41.98 
 
 		 625 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  41.34 
 
 		 555 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 438 aa  129  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 495 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 459 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 407 aa  128  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 356 aa  128  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 631 aa  128  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  40.91 
 
 		 522 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 638 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  36.68 
 
 		 1726 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 422 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  43.83 
 
 		 328 aa  128  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>