More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3925 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5814  diguanylate cyclase  85.35 
 
 
590 aa  993    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479896  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4490  diguanylate cyclase  85.35 
 
 
590 aa  993    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  62.09 
 
 
604 aa  710    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  97.31 
 
 
594 aa  1103    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1361  diguanylate cyclase  84.62 
 
 
598 aa  976    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0181036 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3925  diguanylate cyclase  100 
 
 
594 aa  1189    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3879  diguanylate cyclase  85.35 
 
 
590 aa  993    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47914  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  61.46 
 
 
603 aa  692    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4158  diguanylate cyclase  83.6 
 
 
649 aa  915    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.870155  normal  0.271744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  60.52 
 
 
604 aa  665    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  41.07 
 
 
572 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
565 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  40.74 
 
 
721 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.33 
 
 
721 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 
450 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.39 
 
 
677 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.63 
 
 
816 aa  157  6e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3557  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.98 
 
 
677 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.026762  decreased coverage  0.00000188852 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.62 
 
 
891 aa  154  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  37.94 
 
 
921 aa  152  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1208  GGDEF domain-containing protein  36.44 
 
 
684 aa  152  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  42.13 
 
 
426 aa  152  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
684 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10926  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.86 
 
 
682 aa  152  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 
677 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
684 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0216958  hitchhiker  0.00000239027 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  34.57 
 
 
680 aa  151  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 
678 aa  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.031573  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1034  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
674 aa  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20154  hitchhiker  0.000000435621 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.22 
 
 
954 aa  150  4e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.29 
 
 
577 aa  150  6e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3413  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
684 aa  150  8e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.341259  hitchhiker  0.0009308 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  36.44 
 
 
684 aa  150  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00732829  unclonable  0.0000000000153183 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
684 aa  150  9e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.612111  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
684 aa  150  9e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261711  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  39.92 
 
 
423 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  39.92 
 
 
423 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
423 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  33.1 
 
 
817 aa  148  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2300  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.93 
 
 
936 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.63 
 
 
965 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  26.01 
 
 
555 aa  147  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  45.29 
 
 
892 aa  147  6e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  45.29 
 
 
892 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  45.29 
 
 
892 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  45.29 
 
 
892 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.38 
 
 
319 aa  147  8.000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  45.29 
 
 
735 aa  146  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.76 
 
 
935 aa  146  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  44.71 
 
 
604 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  40.33 
 
 
434 aa  145  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 
755 aa  145  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  42.62 
 
 
862 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.66 
 
 
867 aa  145  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2479  putative diguanylate cyclase  36.59 
 
 
584 aa  144  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  40.65 
 
 
723 aa  144  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.7 
 
 
877 aa  144  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.57 
 
 
695 aa  144  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  44.13 
 
 
944 aa  144  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  35.74 
 
 
1534 aa  144  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0663  putative sensory box/response regulator  47.83 
 
 
717 aa  144  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  37.69 
 
 
409 aa  144  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.24 
 
 
935 aa  144  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.6 
 
 
1289 aa  144  6e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.26 
 
 
1101 aa  144  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.12 
 
 
892 aa  144  7e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1018  GGDEF domain-containing protein  34.75 
 
 
678 aa  144  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00123246  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  42.13 
 
 
768 aa  143  8e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  42.13 
 
 
768 aa  143  8e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  49.36 
 
 
1141 aa  143  9e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.8 
 
 
631 aa  143  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.992209 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  45.93 
 
 
1093 aa  142  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  42.46 
 
 
694 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.78 
 
 
882 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.15 
 
 
582 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  40.17 
 
 
422 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  42.73 
 
 
422 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.14 
 
 
873 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  48.08 
 
 
1025 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.87 
 
 
678 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.16 
 
 
802 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.16 
 
 
679 aa  141  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.18 
 
 
1247 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  39.09 
 
 
435 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.61 
 
 
1247 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.25 
 
 
705 aa  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0593107  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.24 
 
 
574 aa  141  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.58 
 
 
575 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.6 
 
 
840 aa  141  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.43 
 
 
1244 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0242  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.8 
 
 
631 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00436408  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  41.34 
 
 
955 aa  140  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  40.98 
 
 
876 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.13 
 
 
684 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  42.31 
 
 
829 aa  140  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  40.43 
 
 
422 aa  140  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 
494 aa  140  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_003296  RS05432  hypothetical protein  47.59 
 
 
915 aa  140  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.91 
 
 
821 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  42.13 
 
 
814 aa  139  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>