More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2545 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  100 
 
 		 429 aa  882    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  50.12 
 
 		 439 aa  411  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  39.76 
 
 		 436 aa  328  1.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  40.31 
 
 		 538 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  40.31 
 
 		 601 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  40.31 
 
 		 471 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  40.31 
 
 		 471 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  40.05 
 
 		 465 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  42.13 
 
 		 502 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.36 
 
 		 553 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  47.52 
 
 		 467 aa  276  4e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  50.92 
 
 		 1187 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  45.65 
 
 		 505 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  46.26 
 
 		 408 aa  265  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  46.26 
 
 		 408 aa  265  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  48.56 
 
 		 681 aa  264  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  47.87 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  46.98 
 
 		 358 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  46.98 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  47.87 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  47.87 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  46.98 
 
 		 358 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  45.34 
 
 		 467 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  46.67 
 
 		 389 aa  260  4e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  45.75 
 
 		 358 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  50.38 
 
 		 524 aa  259  8e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  47.89 
 
 		 305 aa  259  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.04 
 
 		 1021 aa  258  1e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  51.88 
 
 		 392 aa  257  3e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  46.08 
 
 		 445 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.61 
 
 		 602 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.04 
 
 		 594 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.04 
 
 		 589 aa  251  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  44 
 
 		 611 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  44 
 
 		 611 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  42.72 
 
 		 470 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1911  histidine kinase  43.62 
 
 		 406 aa  245  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267492 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  44.03 
 
 		 611 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.27 
 
 		 683 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.98 
 
 		 1146 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  44.98 
 
 		 626 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.62 
 
 		 1465 aa  238  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  44.8 
 
 		 598 aa  235  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.72 
 
 		 679 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.32 
 
 		 713 aa  231  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  42.86 
 
 		 627 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  42.86 
 
 		 627 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 627 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  42.86 
 
 		 627 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  42.86 
 
 		 627 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  42.86 
 
 		 627 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  42.86 
 
 		 627 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  41.91 
 
 		 315 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.9 
 
 		 678 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1567  histidine kinase  44.87 
 
 		 310 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.12 
 
 		 683 aa  220  5e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  42.6 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.03 
 
 		 1072 aa  209  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  39.22 
 
 		 1850 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  41.75 
 
 		 557 aa  206  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5447  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.61 
 
 		 448 aa  205  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.151261 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  40.49 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  41.91 
 
 		 497 aa  202  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1428  histidine kinase  38.28 
 
 		 457 aa  202  9e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  38.68 
 
 		 730 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 		 685 aa  201  3e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  38.51 
 
 		 724 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 		 566 aa  200  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4433  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 		 680 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.74 
 
 		 1123 aa  198  2.0000000000000003e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1210  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 		 1036 aa  195  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  37.87 
 
 		 1808 aa  194  3e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  38.01 
 
 		 433 aa  193  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1834  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 681 aa  193  6e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.06 
 
 		 699 aa  191  2e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  37.84 
 
 		 770 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 494 aa  190  4e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  37.87 
 
 		 468 aa  190  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26810  putative two-component sensor  36.99 
 
 		 371 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  38.79 
 
 		 785 aa  189  1e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 		 971 aa  188  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  38.83 
 
 		 1795 aa  188  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 		 440 aa  187  2e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3474  histidine kinase  35.66 
 
 		 449 aa  187  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3526  histidine kinase  38.6 
 
 		 458 aa  187  4e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 439 aa  187  4e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4503  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  38.68 
 
 		 1797 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.194827  normal  0.137244 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  38.11 
 
 		 1780 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 		 715 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  38.23 
 
 		 726 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 		 928 aa  184  2.0000000000000003e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 		 785 aa  184  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2365  histidine kinase  39.43 
 
 		 435 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3995  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  40.07 
 
 		 1794 aa  183  6e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  37.07 
 
 		 708 aa  182  7e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 		 594 aa  182  8.000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0055  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.69 
 
 		 591 aa  182  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.291296 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2725  histidine kinase  40.33 
 
 		 361 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.102718  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1253  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 		 673 aa  181  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.96 
 
 		 585 aa  181  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>