More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2742 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  96.57 
 
 
505 aa  930    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  76.72 
 
 
467 aa  721    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
467 aa  957    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  50.11 
 
 
470 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  46.84 
 
 
445 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  56.84 
 
 
305 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5165  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  37.53 
 
 
593 aa  315  9.999999999999999e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  55.87 
 
 
1187 aa  305  9.000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.92 
 
 
553 aa  301  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  50.32 
 
 
611 aa  299  6e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  52.68 
 
 
358 aa  299  7e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
611 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
611 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.08 
 
 
594 aa  292  8e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.08 
 
 
602 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  51.32 
 
 
389 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  52.88 
 
 
524 aa  289  8e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  50.99 
 
 
389 aa  289  9e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  50.99 
 
 
389 aa  289  9e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  50.99 
 
 
389 aa  289  9e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  50.99 
 
 
358 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  50.99 
 
 
389 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  50.99 
 
 
358 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  50.82 
 
 
681 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  46.75 
 
 
589 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  48.16 
 
 
408 aa  281  2e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  48.16 
 
 
408 aa  281  2e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0223  histidine kinase  37 
 
 
647 aa  278  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  47.55 
 
 
627 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  47.55 
 
 
627 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  47.55 
 
 
627 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  47.55 
 
 
627 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  47.55 
 
 
627 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  47.55 
 
 
627 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  46.63 
 
 
626 aa  276  5e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1911  histidine kinase  50 
 
 
406 aa  276  6e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.267492 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  47.24 
 
 
627 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.82 
 
 
392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  50.16 
 
 
502 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  50.64 
 
 
471 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  50.64 
 
 
465 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  50.64 
 
 
538 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  50.64 
 
 
471 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  50.64 
 
 
601 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.89 
 
 
1465 aa  266  5e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.04 
 
 
683 aa  262  8e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  45.34 
 
 
429 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.55 
 
 
1021 aa  259  8e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.87 
 
 
1146 aa  258  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  44.48 
 
 
439 aa  256  7e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1567  histidine kinase  46.13 
 
 
310 aa  253  7e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  45.7 
 
 
598 aa  249  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
758 aa  247  3e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4048  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.63 
 
 
431 aa  241  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.24 
 
 
713 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1428  histidine kinase  42.05 
 
 
457 aa  238  2e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.55 
 
 
683 aa  238  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6695  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
449 aa  237  3e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  61.05 
 
 
755 aa  237  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4047  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 
431 aa  236  7e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.62 
 
 
679 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.57 
 
 
678 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4824  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 
431 aa  232  9e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.81 
 
 
566 aa  230  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
494 aa  228  3e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 
557 aa  226  8e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  36.55 
 
 
724 aa  226  9e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 
688 aa  223  4e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  34.92 
 
 
1780 aa  223  6e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.45 
 
 
699 aa  223  7e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  37.81 
 
 
1901 aa  222  9e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 
594 aa  222  9.999999999999999e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  40.8 
 
 
730 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  39.68 
 
 
1850 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4049  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.5 
 
 
553 aa  220  5e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.92854 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 
715 aa  218  1e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
440 aa  218  1e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  40.48 
 
 
313 aa  218  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  42.18 
 
 
315 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.02 
 
 
799 aa  217  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.976806  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4551  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.56 
 
 
757 aa  216  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11855  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  38.46 
 
 
708 aa  216  7e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.89 
 
 
1072 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  40.13 
 
 
971 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  39.14 
 
 
726 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 
1123 aa  213  5.999999999999999e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  41.61 
 
 
433 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4552  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.72 
 
 
624 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4433  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  39.94 
 
 
680 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 
585 aa  211  2e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26810  putative two-component sensor  42.28 
 
 
371 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  39.53 
 
 
308 aa  211  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 
437 aa  210  4e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2556  ATP-binding region, ATPase-like  38.74 
 
 
1811 aa  210  4e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 
439 aa  209  8e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  39.22 
 
 
1808 aa  207  3e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2093  histidine kinase  33.56 
 
 
468 aa  205  1e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.578999  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  39.07 
 
 
468 aa  205  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3976  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
431 aa  205  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0119459  decreased coverage  0.00202838 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 
675 aa  205  1e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>