More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1978 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 553 aa  1124    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  55.25 
 
 		 681 aa  356  5e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  61.23 
 
 		 1187 aa  349  8e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  61.42 
 
 		 524 aa  339  7e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  57.14 
 
 		 408 aa  321  1.9999999999999998e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  57.14 
 
 		 408 aa  321  1.9999999999999998e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  54.39 
 
 		 305 aa  320  6e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  49.85 
 
 		 594 aa  316  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.55 
 
 		 602 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  52.13 
 
 		 627 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  52.13 
 
 		 627 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  52.13 
 
 		 627 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  52.13 
 
 		 627 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  52.13 
 
 		 627 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  52.13 
 
 		 627 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  50.83 
 
 		 611 aa  309  8e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  50.83 
 
 		 611 aa  309  8e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  53.04 
 
 		 467 aa  309  9e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  51.8 
 
 		 627 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  49.85 
 
 		 589 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  51.63 
 
 		 626 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  54.25 
 
 		 505 aa  304  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1911  histidine kinase  56.36 
 
 		 406 aa  303  4.0000000000000003e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267492 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  47.96 
 
 		 611 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  53.92 
 
 		 467 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  50.51 
 
 		 470 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  49.34 
 
 		 358 aa  292  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  49.49 
 
 		 445 aa  289  9e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  48.71 
 
 		 389 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  48.71 
 
 		 389 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  48.71 
 
 		 389 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  53.36 
 
 		 429 aa  287  4e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  48.71 
 
 		 358 aa  287  4e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.66 
 
 		 1021 aa  287  4e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  49.34 
 
 		 389 aa  287  4e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  49.34 
 
 		 389 aa  286  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  49.34 
 
 		 358 aa  286  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  49.66 
 
 		 439 aa  282  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.85 
 
 		 1465 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.01 
 
 		 392 aa  281  3e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.81 
 
 		 1146 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.84 
 
 		 683 aa  264  3e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.33 
 
 		 679 aa  259  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1567  histidine kinase  48.83 
 
 		 310 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  45.93 
 
 		 315 aa  250  6e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  41.46 
 
 		 730 aa  249  1e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  45.79 
 
 		 313 aa  248  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.56 
 
 		 678 aa  248  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.66 
 
 		 713 aa  246  8e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  45.91 
 
 		 601 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  45.91 
 
 		 465 aa  240  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  45.91 
 
 		 471 aa  240  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  45.91 
 
 		 471 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  45.91 
 
 		 538 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.8 
 
 		 683 aa  240  5.999999999999999e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  39.49 
 
 		 708 aa  239  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  41.07 
 
 		 726 aa  238  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  41.2 
 
 		 724 aa  238  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  43.53 
 
 		 557 aa  237  5.0000000000000005e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  40.45 
 
 		 598 aa  232  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  44.62 
 
 		 502 aa  230  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  40.25 
 
 		 1780 aa  226  6e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.32 
 
 		 1123 aa  224  2e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  39.23 
 
 		 594 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  37.95 
 
 		 688 aa  218  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  37.46 
 
 		 497 aa  218  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  37.28 
 
 		 1901 aa  216  8e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.68 
 
 		 440 aa  216  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 		 685 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  37.43 
 
 		 468 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 		 928 aa  215  1.9999999999999998e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.12 
 
 		 699 aa  214  1.9999999999999998e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  37.79 
 
 		 308 aa  215  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.2 
 
 		 537 aa  213  7e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.559504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.43 
 
 		 566 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.72 
 
 		 494 aa  212  1e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26810  putative two-component sensor  41.39 
 
 		 371 aa  212  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4433  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  39.1 
 
 		 680 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  37.15 
 
 		 1850 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  40.61 
 
 		 971 aa  212  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3474  histidine kinase  38.91 
 
 		 449 aa  211  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  40.79 
 
 		 433 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37.2 
 
 		 715 aa  210  5e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1210  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 		 1036 aa  209  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  43.37 
 
 		 407 aa  208  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  40.82 
 
 		 468 aa  208  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.26 
 
 		 641 aa  208  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1834  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 		 681 aa  206  6e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 		 675 aa  206  9e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3526  histidine kinase  40 
 
 		 458 aa  206  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5447  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.48 
 
 		 448 aa  206  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.151261 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 		 437 aa  205  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1428  histidine kinase  39.74 
 
 		 457 aa  205  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 		 585 aa  205  2e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  37.26 
 
 		 1808 aa  204  3e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  36.39 
 
 		 715 aa  204  3e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  32.29 
 
 		 436 aa  204  4e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.96 
 
 		 1072 aa  204  4e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2365  histidine kinase  39.42 
 
 		 435 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 		 439 aa  201  1.9999999999999998e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.283805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>