More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1533 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  100 
 
 		 497 aa  1018    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03784  sensor histidine kinase  32.32 
 
 		 501 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  44.27 
 
 		 313 aa  241  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  42.42 
 
 		 315 aa  241  2.9999999999999997e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.29 
 
 		 1146 aa  224  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 		 553 aa  218  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  42.33 
 
 		 1187 aa  218  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  38.64 
 
 		 770 aa  216  5.9999999999999996e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  40.97 
 
 		 598 aa  215  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  41.91 
 
 		 439 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  41.64 
 
 		 524 aa  211  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.3 
 
 		 1021 aa  208  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  42.75 
 
 		 681 aa  208  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  39.72 
 
 		 557 aa  207  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  41.2 
 
 		 358 aa  205  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.49 
 
 		 1465 aa  204  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.6 
 
 		 392 aa  203  6e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  41.91 
 
 		 429 aa  202  8e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.03 
 
 		 594 aa  201  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.35 
 
 		 602 aa  201  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  42.72 
 
 		 467 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.63 
 
 		 683 aa  199  7e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 		 589 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  40.82 
 
 		 389 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  38.95 
 
 		 626 aa  197  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 611 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 		 683 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 611 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  40.45 
 
 		 389 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  40.45 
 
 		 389 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  40.45 
 
 		 389 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  40.45 
 
 		 389 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  39.41 
 
 		 627 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  39.41 
 
 		 627 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  40.45 
 
 		 358 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  39.41 
 
 		 627 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1911  histidine kinase  39.45 
 
 		 406 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267492 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 627 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  40.45 
 
 		 358 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  39.41 
 
 		 627 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  39.41 
 
 		 627 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  39.41 
 
 		 627 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  40.14 
 
 		 408 aa  194  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  40.14 
 
 		 408 aa  194  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  37.46 
 
 		 611 aa  193  7e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1567  histidine kinase  39.86 
 
 		 310 aa  192  9e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.85 
 
 		 678 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.79 
 
 		 715 aa  191  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.54 
 
 		 713 aa  190  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 		 785 aa  190  5.999999999999999e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  38.54 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02433  sensor histide kinase  41.48 
 
 		 482 aa  189  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  39.04 
 
 		 785 aa  187  3e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.36 
 
 		 566 aa  187  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  32.97 
 
 		 433 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 		 679 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0765  histidine kinase  33.74 
 
 		 601 aa  184  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.29 
 
 		 440 aa  184  4.0000000000000006e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  39.64 
 
 		 470 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 		 468 aa  181  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 		 641 aa  181  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  37.55 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  39.37 
 
 		 445 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 		 594 aa  180  4.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  37.94 
 
 		 601 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 		 494 aa  180  4.999999999999999e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  38.24 
 
 		 471 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  38.24 
 
 		 471 aa  179  8e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26810  putative two-component sensor  37.54 
 
 		 371 aa  179  9e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  38.24 
 
 		 538 aa  179  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  38.24 
 
 		 465 aa  179  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  36.94 
 
 		 1850 aa  178  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0967  sensor histidine kinase  36.89 
 
 		 401 aa  176  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 		 585 aa  176  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  38.93 
 
 		 505 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.57 
 
 		 467 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  33.84 
 
 		 468 aa  172  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  34.97 
 
 		 502 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.58 
 
 		 1072 aa  171  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 		 971 aa  171  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.48 
 
 		 675 aa  169  7e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.76 
 
 		 919 aa  169  8e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5447  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 		 448 aa  168  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.151261 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  36.7 
 
 		 730 aa  168  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 		 699 aa  168  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  37.18 
 
 		 436 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 		 675 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2543  sensor histidine kinase  35.71 
 
 		 460 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  33.86 
 
 		 1780 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 		 928 aa  166  1.0000000000000001e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3474  histidine kinase  33.44 
 
 		 449 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  37.95 
 
 		 726 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 		 970 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.984464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 		 439 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  34.8 
 
 		 724 aa  164  3e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3946  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 		 448 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  35.91 
 
 		 1901 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 		 437 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0024  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  39.3 
 
 		 390 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.114696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 		 688 aa  163  6e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>