More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2800 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2800  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 573 aa  1169    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.81 
 
 		 558 aa  206  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.34 
 
 		 550 aa  197  5.000000000000001e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  31.2 
 
 		 554 aa  153  8.999999999999999e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.61 
 
 		 557 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 680 aa  137  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  25 
 
 		 758 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.71 
 
 		 663 aa  136  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.99 
 
 		 797 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.94 
 
 		 1073 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  26.16 
 
 		 732 aa  133  9e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 510 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.75 
 
 		 710 aa  131  3e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 638 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.22 
 
 		 355 aa  130  8.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 764 aa  130  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  26.12 
 
 		 764 aa  130  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 764 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 718 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  31.39 
 
 		 792 aa  128  3e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 461 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 356 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  28.81 
 
 		 565 aa  127  6e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 555 aa  126  9e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  29.58 
 
 		 342 aa  126  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 517 aa  126  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2106  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 720 aa  126  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.33 
 
 		 960 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.28 
 
 		 353 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.01 
 
 		 792 aa  125  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 350 aa  125  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  27.45 
 
 		 374 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 317 aa  124  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5543  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 352 aa  125  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.84 
 
 		 841 aa  124  3e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  31.39 
 
 		 836 aa  124  4e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  33.63 
 
 		 353 aa  124  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 386 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 398 aa  123  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 608 aa  123  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  38.24 
 
 		 391 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  26.63 
 
 		 356 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.41 
 
 		 531 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 494 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 494 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.8 
 
 		 1262 aa  121  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  37.71 
 
 		 351 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  38.82 
 
 		 351 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  34.48 
 
 		 457 aa  120  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 377 aa  120  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 369 aa  120  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 574 aa  120  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  38.82 
 
 		 351 aa  120  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 574 aa  120  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 1099 aa  120  9e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  34.22 
 
 		 371 aa  119  9.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  30.86 
 
 		 273 aa  119  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 539 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.44 
 
 		 619 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001930  sensory box/GGDEF family protein  38.24 
 
 		 815 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  38.24 
 
 		 351 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  38.24 
 
 		 351 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 569 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  35.53 
 
 		 609 aa  118  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.36 
 
 		 586 aa  118  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 363 aa  118  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 439 aa  117  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.71 
 
 		 1125 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 681 aa  118  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 510 aa  117  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 278 aa  117  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5538  ggdef family protein  38.24 
 
 		 352 aa  117  6e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.29 
 
 		 668 aa  117  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.29 
 
 		 668 aa  117  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  36 
 
 		 381 aa  117  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 714 aa  117  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 321 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 772 aa  116  8.999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.43 
 
 		 457 aa  116  8.999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  37.72 
 
 		 690 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5414  ggdef family protein  39.53 
 
 		 352 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 490 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 510 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  36.26 
 
 		 588 aa  116  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 340 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.27 
 
 		 709 aa  115  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  36.53 
 
 		 721 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2704  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.64 
 
 		 494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0570321  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 414 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  37.06 
 
 		 815 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 346 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 309 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.65 
 
 		 751 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.256566 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.99 
 
 		 947 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 630 aa  115  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>