More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4143 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4143  putative diguanylate cyclase  100 
 
 		 409 aa  816    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000307242  normal  0.739273 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  65.74 
 
 		 413 aa  504  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 394 aa  139  7e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 395 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 395 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  42.78 
 
 		 649 aa  134  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  40.59 
 
 		 443 aa  132  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 464 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 471 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 661 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 552 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 629 aa  126  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.77 
 
 		 425 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  42.55 
 
 		 448 aa  125  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 516 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  41.61 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 354 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 630 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 405 aa  123  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  37.72 
 
 		 389 aa  123  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 542 aa  123  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  42.94 
 
 		 347 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 487 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  39.15 
 
 		 512 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  40.88 
 
 		 588 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 278 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  43 
 
 		 502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 307 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 498 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 569 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.24 
 
 		 474 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.46 
 
 		 1073 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 569 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  37.68 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 571 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 620 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 522 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 634 aa  121  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 483 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 498 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  41.27 
 
 		 555 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.58 
 
 		 801 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 611 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 498 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 526 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.68 
 
 		 960 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 368 aa  120  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 460 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 456 aa  120  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 369 aa  120  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  42.49 
 
 		 261 aa  119  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 312 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 291 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 513 aa  119  9e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  44.79 
 
 		 327 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 522 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 496 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 495 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.64 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 		 493 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  41.26 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  41.26 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  41.26 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  41.26 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  41.79 
 
 		 528 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  42.49 
 
 		 436 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.62 
 
 		 424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 503 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 493 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  41 
 
 		 510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  41.26 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 453 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  41.26 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 492 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  45.68 
 
 		 496 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 		 469 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 775 aa  117  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 538 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40 
 
 		 532 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  38.27 
 
 		 320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>