More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0622 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0622  GGDEF family protein  100 
 
 		 489 aa  1012    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.237446  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  35.86 
 
 		 486 aa  333  6e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002974  GGDEF family protein  35.93 
 
 		 491 aa  324  2e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337461  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  29.96 
 
 		 490 aa  273  4.0000000000000004e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 373 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 467 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 526 aa  113  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 467 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.52 
 
 		 407 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 360 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 467 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 409 aa  111  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 		 641 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 371 aa  110  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 414 aa  110  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.74 
 
 		 772 aa  110  6e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  42.14 
 
 		 288 aa  110  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 384 aa  110  7.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 		 901 aa  109  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 536 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 477 aa  108  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.87 
 
 		 714 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 532 aa  107  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 629 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.51 
 
 		 602 aa  107  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.74 
 
 		 916 aa  107  6e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 512 aa  107  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 321 aa  107  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  34.57 
 
 		 308 aa  107  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 635 aa  107  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 357 aa  106  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.51 
 
 		 457 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 489 aa  106  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.98 
 
 		 675 aa  106  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.2 
 
 		 792 aa  106  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 		 587 aa  106  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 599 aa  106  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 378 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 370 aa  106  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0332  DNA polymerase III delta prime subunit HolB  34.46 
 
 		 349 aa  106  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1669  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 499 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  35.75 
 
 		 719 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 354 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 487 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 1099 aa  105  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  34.73 
 
 		 1637 aa  105  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 322 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  35.64 
 
 		 604 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.52 
 
 		 550 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.13 
 
 		 505 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2172  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.27 
 
 		 875 aa  104  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 308 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 308 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  34.57 
 
 		 308 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.96 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 308 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  34.88 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0294  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 504 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166805  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  38.51 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.51 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3290  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 473 aa  104  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000228847  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 580 aa  104  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1093  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.85 
 
 		 731 aa  104  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 464 aa  104  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 548 aa  104  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 381 aa  104  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 347 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 385 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 356 aa  103  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  37.74 
 
 		 333 aa  103  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  32.91 
 
 		 275 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 		 422 aa  103  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 		 512 aa  103  8e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  32.91 
 
 		 235 aa  103  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 385 aa  103  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  35.85 
 
 		 350 aa  103  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 		 400 aa  103  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.59 
 
 		 565 aa  103  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  35.76 
 
 		 443 aa  103  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 382 aa  103  9e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  35.43 
 
 		 448 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.58 
 
 		 896 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  31.58 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 305 aa  103  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 564 aa  103  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  40 
 
 		 498 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.54 
 
 		 570 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 405 aa  103  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 467 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 532 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 634 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.96 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 605 aa  102  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>