More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3603 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 641 aa  1314    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 370 aa  124  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 464 aa  124  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 		 772 aa  123  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 582 aa  122  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 397 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 492 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.05 
 
 		 493 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  32.47 
 
 		 486 aa  121  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2165  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 333 aa  120  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000162389  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 571 aa  120  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  40.78 
 
 		 412 aa  120  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 493 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 540 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 336 aa  120  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 388 aa  120  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 569 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 385 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 436 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 378 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 385 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 493 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  42.49 
 
 		 375 aa  117  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 628 aa  117  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 674 aa  117  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 		 901 aa  117  8.999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 386 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 605 aa  116  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  31.41 
 
 		 431 aa  116  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  36.18 
 
 		 626 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  28.21 
 
 		 626 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 531 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  30.71 
 
 		 610 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 		 482 aa  115  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  31.98 
 
 		 487 aa  115  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 585 aa  115  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 512 aa  115  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 548 aa  115  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 324 aa  115  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 373 aa  114  4.0000000000000004e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 264 aa  114  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  30.66 
 
 		 650 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 554 aa  115  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 314 aa  114  5e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 380 aa  114  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4018  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 311 aa  114  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  41.28 
 
 		 375 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 357 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  41.86 
 
 		 375 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 385 aa  114  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 628 aa  113  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 543 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 307 aa  113  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002974  GGDEF family protein  31.66 
 
 		 491 aa  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337461  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  34.53 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 559 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  37.06 
 
 		 431 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 519 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 508 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 408 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 665 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 346 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 583 aa  112  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0758  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 340 aa  112  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 715 aa  111  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 632 aa  112  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 544 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 544 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 354 aa  112  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 508 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 574 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0622  GGDEF family protein  36 
 
 		 489 aa  111  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.237446  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 495 aa  111  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.7 
 
 		 698 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 643 aa  111  5e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 643 aa  111  5e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 278 aa  111  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 267 aa  110  6e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 546 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.92 
 
 		 457 aa  110  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  37.5 
 
 		 544 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 574 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 710 aa  110  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 651 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3266  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 355 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  36.26 
 
 		 424 aa  110  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  40.24 
 
 		 448 aa  109  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  39.29 
 
 		 628 aa  110  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0283  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 391 aa  110  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.714605  normal  0.0176427 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.76 
 
 		 610 aa  110  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 546 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 498 aa  110  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 778 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  40 
 
 		 550 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 381 aa  110  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.05 
 
 		 730 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  40 
 
 		 529 aa  110  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 382 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>