More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_2015 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_2015  diguanylate cyclase  100 
 
 		 249 aa  495  1e-139  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.47 
 
 		 663 aa  131  9e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 494 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.11 
 
 		 681 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 493 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.98 
 
 		 457 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  38.89 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  38.89 
 
 		 565 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  35.87 
 
 		 474 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  41.98 
 
 		 457 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 494 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 487 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.12 
 
 		 457 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 628 aa  125  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 507 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.55 
 
 		 710 aa  125  7e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 621 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 628 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.51 
 
 		 457 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 638 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 631 aa  123  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 526 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 454 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 555 aa  123  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 714 aa  123  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40 
 
 		 610 aa  122  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 426 aa  122  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 402 aa  122  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 357 aa  122  5e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 398 aa  122  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 362 aa  122  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 628 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 624 aa  122  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.69 
 
 		 1079 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.87 
 
 		 772 aa  122  7e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 620 aa  122  7e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  43.56 
 
 		 454 aa  122  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 574 aa  122  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 492 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 625 aa  121  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.86 
 
 		 457 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 335 aa  121  8e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 492 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.89 
 
 		 609 aa  121  9e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  43.37 
 
 		 457 aa  121  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  39.71 
 
 		 709 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.24 
 
 		 457 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 574 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.09 
 
 		 531 aa  120  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  40.46 
 
 		 418 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 457 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.13 
 
 		 696 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  33.05 
 
 		 393 aa  119  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.13 
 
 		 696 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.63 
 
 		 638 aa  120  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 316 aa  119  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  41.98 
 
 		 422 aa  120  3e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 306 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  34.48 
 
 		 323 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  35.63 
 
 		 796 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 632 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 492 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 611 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 524 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 495 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  38.58 
 
 		 477 aa  119  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.07 
 
 		 457 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 420 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 625 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 625 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 377 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 775 aa  119  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 360 aa  119  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 373 aa  118  7e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 1099 aa  118  7e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 504 aa  118  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 1826 aa  118  7.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  41.46 
 
 		 457 aa  118  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 492 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 307 aa  118  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.43 
 
 		 328 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.647593 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 492 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  31.25 
 
 		 381 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 728 aa  118  9e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 		 754 aa  118  9e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.41 
 
 		 312 aa  118  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.99 
 
 		 457 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 472 aa  118  9e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 492 aa  118  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 357 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  33.17 
 
 		 493 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.96 
 
 		 550 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 263 aa  117  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  35.38 
 
 		 545 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 451 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  38.32 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 506 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>