182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1828 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 298 aa  588  1e-167  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  54.62 
 
 		 297 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  58.36 
 
 		 278 aa  259  4e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  47.12 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  47.06 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  47.06 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  45.02 
 
 		 292 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  45.59 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  46.39 
 
 		 291 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  46.84 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  43.17 
 
 		 292 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  43.54 
 
 		 292 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  48.85 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  43.54 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  45.31 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  45.31 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  50 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  45.56 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  40.15 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  38.58 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  38.49 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  36.78 
 
 		 269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  40.32 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  36.2 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  40.43 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  34.02 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  35.93 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  43.45 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  44.16 
 
 		 282 aa  119  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  38.5 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  33.73 
 
 		 357 aa  109  6e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  37.76 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  38.68 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  40.11 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  39.52 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  40.1 
 
 		 345 aa  99  9e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  41.01 
 
 		 276 aa  98.2  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  34.45 
 
 		 323 aa  96.7  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  36.89 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  38.24 
 
 		 288 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  38.92 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  28.52 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  37.65 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  37.93 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  32.5 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  30.28 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  38.76 
 
 		 276 aa  86.7  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  33.05 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  37.25 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  31.86 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  32.37 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  32.63 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  25.09 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  32.28 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  30.11 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  34.33 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  34.27 
 
 		 364 aa  67  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  27.27 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  33.73 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  31.38 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  33.33 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  25.96 
 
 		 316 aa  64.3  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  33.7 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  32.24 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  29.83 
 
 		 327 aa  62  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  30.34 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  30.83 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  25.97 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  32.58 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  28.14 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  29.35 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  27.55 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  29.54 
 
 		 339 aa  60.1  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  30.23 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  25.96 
 
 		 326 aa  59.7  0.00000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  31.61 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  28.83 
 
 		 332 aa  59.3  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  31.28 
 
 		 287 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  25.76 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  30.39 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  31.18 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  32.2 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  29.19 
 
 		 309 aa  57  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.92 
 
 		 323 aa  57  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  29.44 
 
 		 575 aa  56.6  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  27.88 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  25.76 
 
 		 311 aa  56.2  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  27.08 
 
 		 337 aa  56.2  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  27.36 
 
 		 324 aa  55.1  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  27.96 
 
 		 273 aa  53.9  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  29.32 
 
 		 289 aa  53.9  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  27.15 
 
 		 308 aa  53.5  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  29.34 
 
 		 350 aa  53.5  0.000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  30.33 
 
 		 357 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  28.7 
 
 		 317 aa  53.1  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.21 
 
 		 280 aa  53.1  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  31.68 
 
 		 321 aa  52.8  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  27.8 
 
 		 337 aa  52.4  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  27.66 
 
 		 355 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  27.05 
 
 		 349 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>