More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0820 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 304 aa  596  1e-169  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  77.97 
 
 		 300 aa  446  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  58.03 
 
 		 303 aa  301  1e-80  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  58.45 
 
 		 288 aa  290  1e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  58.36 
 
 		 287 aa  277  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  54.61 
 
 		 302 aa  271  7e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.63 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  33.09 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  32.85 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  30.54 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  35.02 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  35.58 
 
 		 280 aa  132  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  35.71 
 
 		 293 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  35.71 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  35.47 
 
 		 279 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  35.14 
 
 		 277 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  32.16 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.09 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  36.71 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  34.6 
 
 		 278 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  36.56 
 
 		 289 aa  129  9.000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  31.36 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  32.07 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  35.29 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  35.04 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  34.57 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  36.51 
 
 		 288 aa  125  7e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  33.94 
 
 		 280 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  34.76 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.05 
 
 		 281 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  37.78 
 
 		 337 aa  124  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  41.78 
 
 		 687 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  33.96 
 
 		 278 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  32.3 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  37.56 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  30.42 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  34.59 
 
 		 281 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  35.1 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  33.96 
 
 		 293 aa  123  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  29.9 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  34.39 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.43 
 
 		 280 aa  122  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  31.9 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  32.48 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  33.76 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  30.18 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  34.69 
 
 		 325 aa  119  7.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  39.66 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  33.22 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  31.54 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  31.8 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  36.06 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  31.38 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  32.62 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  33.71 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  30.67 
 
 		 310 aa  113  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  37.24 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  33.78 
 
 		 310 aa  112  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  35.37 
 
 		 331 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  31.2 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  36.8 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  31.91 
 
 		 281 aa  109  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  32.75 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  32.89 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  29.62 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  32.75 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  29.12 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  32.75 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  35.71 
 
 		 379 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2584  squalene/phytoene synthase  33.17 
 
 		 287 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2638  squalene/phytoene synthase  33.17 
 
 		 287 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.444406  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.44 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  32.52 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  35.45 
 
 		 279 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  37.17 
 
 		 333 aa  104  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  32.99 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  35.82 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  32.73 
 
 		 302 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  36.32 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  27.24 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  29.62 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  36.36 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  39.33 
 
 		 279 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  31.65 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  37.82 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  34.6 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  34.78 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  36.46 
 
 		 278 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.71 
 
 		 287 aa  99.4  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  38.29 
 
 		 279 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  33.67 
 
 		 291 aa  99.4  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  28.2 
 
 		 273 aa  99  8e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  30.99 
 
 		 505 aa  98.6  1e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  35.87 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  31.99 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  33.61 
 
 		 283 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  37.91 
 
 		 283 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  35.11 
 
 		 292 aa  96.7  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  29.96 
 
 		 269 aa  96.7  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>