250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2548 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 276 aa  551  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  64.87 
 
 		 276 aa  318  6e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  57.3 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  60.43 
 
 		 296 aa  293  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  58.99 
 
 		 345 aa  293  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  59.06 
 
 		 285 aa  292  5e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  56.57 
 
 		 297 aa  291  6e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  58.99 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  58.16 
 
 		 294 aa  280  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  58.99 
 
 		 309 aa  277  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  55.63 
 
 		 294 aa  268  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  51.45 
 
 		 269 aa  256  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  53.43 
 
 		 282 aa  247  1e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  46.79 
 
 		 288 aa  204  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  42.44 
 
 		 291 aa  203  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  46.04 
 
 		 288 aa  202  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  45.65 
 
 		 281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  44.23 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  37.5 
 
 		 323 aa  170  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  39.45 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  38.85 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  35.51 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  34.93 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  33.58 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  37.87 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  35 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  37.45 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  37.23 
 
 		 299 aa  118  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  38.27 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  34.7 
 
 		 379 aa  112  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  38.1 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  36.02 
 
 		 300 aa  108  8.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  33.73 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  39.56 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  38.86 
 
 		 291 aa  99.8  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  38.46 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  33.58 
 
 		 332 aa  99  8e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  37.29 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  32.33 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  38.76 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  32.11 
 
 		 292 aa  95.9  7e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  36.31 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  32.74 
 
 		 316 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  32.74 
 
 		 316 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  32.74 
 
 		 316 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  31.69 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  31.65 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  33.89 
 
 		 304 aa  92.4  7e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  31.67 
 
 		 292 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  35.71 
 
 		 297 aa  89.4  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  31.56 
 
 		 292 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  24.91 
 
 		 310 aa  89  8e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  30.99 
 
 		 292 aa  89  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  31.34 
 
 		 314 aa  89  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  31.25 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  32.74 
 
 		 307 aa  86.3  6e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  28.8 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  30.81 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  32.42 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  32.41 
 
 		 279 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  32.07 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  34.76 
 
 		 278 aa  82.4  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  25.13 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  32.35 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  27.72 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  30.6 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  25.68 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  29.96 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  31.25 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  29.26 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  32.79 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  31.25 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  29.89 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  30.65 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  26.8 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  35.2 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  31.73 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  30.22 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  34.13 
 
 		 687 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  29.96 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  30.11 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  25.64 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  28.57 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  32.37 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  25.51 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.02 
 
 		 280 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  29.92 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  31.82 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  30.85 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  26.23 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  32.74 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  32.75 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  25 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  27.9 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  32.04 
 
 		 337 aa  72  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  31.32 
 
 		 279 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  29.46 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  35.06 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  24.18 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>