210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1832 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 299 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  94.31 
 
 		 299 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  94.31 
 
 		 299 aa  570  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  79.93 
 
 		 298 aa  471  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  72.1 
 
 		 294 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  67.73 
 
 		 294 aa  361  9e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  52.84 
 
 		 292 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  52.67 
 
 		 292 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  52.67 
 
 		 292 aa  295  5e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  51.72 
 
 		 292 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  51.19 
 
 		 292 aa  285  5.999999999999999e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  51.19 
 
 		 292 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  53.73 
 
 		 292 aa  276  2e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  49.66 
 
 		 291 aa  263  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  52.85 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  45.59 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  45.04 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  47.71 
 
 		 278 aa  202  8e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  37 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  37.95 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  38.64 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  36.12 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  37.33 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  36.02 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  37.61 
 
 		 345 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  39.91 
 
 		 276 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  36.45 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  35.75 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  36 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  36.19 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  36.65 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  34.21 
 
 		 269 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  36.56 
 
 		 379 aa  109  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  36.36 
 
 		 276 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  35.32 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  35.59 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  28.63 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  30.23 
 
 		 293 aa  99  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  36 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  32.74 
 
 		 357 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  36 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  31.08 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  31.34 
 
 		 285 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  35.14 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  31.14 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  29.96 
 
 		 321 aa  90.5  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  33.77 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  29.22 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  30.8 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  32.35 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  30.35 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  34.86 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  30.77 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  29.13 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  34.32 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  30.1 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  29.95 
 
 		 280 aa  75.1  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  26.84 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  31.25 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  30.17 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  28.45 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  28.71 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.53 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  28.5 
 
 		 331 aa  72.4  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  28.11 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  26.77 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  28.88 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  27.04 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  29.29 
 
 		 355 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  29.81 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  26.29 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  27.87 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  25.96 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  28.63 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  32.88 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  29.49 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.48 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  28.44 
 
 		 575 aa  65.9  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  31.61 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  27.27 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  32.74 
 
 		 687 aa  65.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  26.87 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  24.89 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.02 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  27.47 
 
 		 332 aa  64.7  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  30.15 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  22.48 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  26.58 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  31.84 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  28.11 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  26.43 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  30.15 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  27.47 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  27.45 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  22.82 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  26.24 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  27.84 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  27.84 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  23.67 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  27.84 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>