244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7143 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 294 aa  580  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  86.73 
 
 		 294 aa  471  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  77.46 
 
 		 298 aa  430  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  72.34 
 
 		 299 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  71.83 
 
 		 299 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  71.83 
 
 		 299 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  55.21 
 
 		 292 aa  308  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  56.23 
 
 		 292 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  56.52 
 
 		 292 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  55.63 
 
 		 292 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  56.94 
 
 		 292 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  57.75 
 
 		 292 aa  299  3e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  55.2 
 
 		 292 aa  289  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  53.38 
 
 		 291 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  53.41 
 
 		 298 aa  259  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  48.81 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  47.74 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  49.21 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  40.44 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  37.82 
 
 		 292 aa  146  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  38.37 
 
 		 291 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  40.66 
 
 		 281 aa  142  9e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  38.57 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  45.41 
 
 		 282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  39.91 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  42.77 
 
 		 269 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  40.54 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  39.07 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  43.01 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  39.71 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  37.67 
 
 		 345 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  38.01 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  37.78 
 
 		 379 aa  108  9.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  42.03 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  41.03 
 
 		 276 aa  105  7e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  29.31 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  35.56 
 
 		 357 aa  102  7e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  35.37 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  29.82 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  31.62 
 
 		 321 aa  99.8  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  39.33 
 
 		 276 aa  96.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  40.24 
 
 		 285 aa  95.9  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  40.72 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  35.24 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  40.72 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  39.9 
 
 		 309 aa  92.4  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  33.94 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  33.66 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  29.34 
 
 		 316 aa  85.5  9e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  34.62 
 
 		 280 aa  83.6  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  35.81 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  36.57 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  36.57 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  37.72 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  30.56 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  31.36 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  30.47 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  35.29 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  31.42 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  32.45 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  30.17 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  34.36 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  29.91 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  30.28 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  34.72 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.13 
 
 		 280 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  30.14 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  31.47 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.63 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  28.12 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  36.36 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  28.9 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.51 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  29.54 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  32.69 
 
 		 331 aa  71.2  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  35.09 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  28.04 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  31.22 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  33.69 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  30.59 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  27.63 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  27.73 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  32.37 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  29 
 
 		 324 aa  68.9  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  27.73 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  23.14 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  30.67 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  24.9 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  32.2 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  34.27 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  34.76 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.49 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  27.57 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  30.52 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  26.36 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  31.44 
 
 		 687 aa  65.1  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  29.81 
 
 		 361 aa  65.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  27.85 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  22.69 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>