193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3576 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 292 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  92.47 
 
 		 292 aa  554  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  86.64 
 
 		 292 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  77.4 
 
 		 292 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  74.32 
 
 		 292 aa  441  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  74.66 
 
 		 292 aa  441  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  74.66 
 
 		 292 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  56.74 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  52.84 
 
 		 299 aa  302  6.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  51.55 
 
 		 299 aa  296  4e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  51.2 
 
 		 299 aa  295  6e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  56.18 
 
 		 294 aa  291  7e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  56.2 
 
 		 294 aa  289  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  52.38 
 
 		 291 aa  287  1e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  53.99 
 
 		 298 aa  286  2.9999999999999996e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  46.95 
 
 		 278 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  44.02 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  43.54 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  37.66 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  37.64 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  34.14 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  38.27 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  36.73 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  37.17 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  32.75 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  34.06 
 
 		 291 aa  105  9e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  32.03 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  32.36 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  36.36 
 
 		 379 aa  103  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  34.84 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  33.47 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  28.9 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  36.03 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  34.23 
 
 		 357 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  33.07 
 
 		 345 aa  97.4  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  35.59 
 
 		 276 aa  95.1  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  35.02 
 
 		 302 aa  93.6  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  32.52 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  33.08 
 
 		 309 aa  87.4  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  34.01 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  34.01 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  30.96 
 
 		 310 aa  87  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  29.67 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  36.09 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  29.17 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  34.71 
 
 		 276 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  34.24 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  30.53 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  27.75 
 
 		 280 aa  75.1  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  26.98 
 
 		 278 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  33.01 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  34.68 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  31.82 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  33.53 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  32.93 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  30.96 
 
 		 325 aa  70.9  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  33.75 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  29.36 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  26.61 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  30.61 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  29.47 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  27.03 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  29.44 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  29.9 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  30.65 
 
 		 279 aa  65.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  32 
 
 		 310 aa  65.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.18 
 
 		 280 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  29.8 
 
 		 364 aa  65.5  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  30 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  27.4 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  27.08 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  25.89 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  27.31 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  34.64 
 
 		 288 aa  61.6  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  26.56 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  28.8 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  25.37 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  23.47 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  27.1 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  25.73 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.73 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  30.56 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  24.64 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  29.45 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  26.34 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  26.48 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  27.44 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  27.32 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  31.97 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  32.56 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  28.42 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  25.35 
 
 		 339 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  30.5 
 
 		 351 aa  57  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  27.37 
 
 		 293 aa  57.4  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  28.17 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  28.9 
 
 		 352 aa  57  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  26.04 
 
 		 279 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  26.48 
 
 		 279 aa  57  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  28.9 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  28.86 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>