240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0819 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 357 aa  700    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  78.67 
 
 		 379 aa  457  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  50.7 
 
 		 300 aa  263  4.999999999999999e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  45.42 
 
 		 302 aa  235  7e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  47.88 
 
 		 291 aa  227  2e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  51.12 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  41.78 
 
 		 293 aa  212  7e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  39.86 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  37.3 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  39.2 
 
 		 269 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  37.41 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  39.55 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  40.96 
 
 		 282 aa  155  8e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  38.1 
 
 		 281 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  36.88 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  39.11 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  34.73 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  37.85 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  36.36 
 
 		 345 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  34.8 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  34.85 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  39.01 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  36.54 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  37.55 
 
 		 276 aa  126  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  36.73 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  37.31 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  35.77 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  36.86 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  35.71 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  33.45 
 
 		 313 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  32.51 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  33.59 
 
 		 285 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  38.74 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  31.98 
 
 		 278 aa  109  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  34.8 
 
 		 310 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  33.88 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  35 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  34.05 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  29.75 
 
 		 311 aa  104  3e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  38.81 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  31.3 
 
 		 312 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  35.1 
 
 		 337 aa  103  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  35.48 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  37.82 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  31.3 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  35.56 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  34.76 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 310 aa  99.8  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  29.48 
 
 		 313 aa  99.8  7e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  31.56 
 
 		 324 aa  99.8  7e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  35.27 
 
 		 277 aa  99.4  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  30.97 
 
 		 330 aa  99  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.42 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  35.39 
 
 		 303 aa  99  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  33.33 
 
 		 299 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  32.71 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  29.5 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  33.33 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  32.86 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  33.48 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  30.82 
 
 		 308 aa  97.8  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  34.23 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  32.74 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  35.19 
 
 		 291 aa  97.4  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  32.31 
 
 		 312 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  30.27 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  32.89 
 
 		 278 aa  96.7  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  28.74 
 
 		 309 aa  96.7  6e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  33.47 
 
 		 337 aa  96.3  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  30.42 
 
 		 302 aa  96.7  6e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  35.34 
 
 		 325 aa  95.5  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  35.65 
 
 		 287 aa  94.7  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  30.94 
 
 		 310 aa  94  3e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 292 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  36.28 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  33.18 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 309 aa  93.6  5e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  31 
 
 		 326 aa  93.6  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  33.33 
 
 		 294 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  28.52 
 
 		 310 aa  92.8  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  27.48 
 
 		 302 aa  92.8  8e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  33.7 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1320  undecaprenyl diphosphate synthase  32.52 
 
 		 564 aa  91.7  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  27.17 
 
 		 310 aa  90.9  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  27.41 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  29.28 
 
 		 310 aa  90.1  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  31.66 
 
 		 505 aa  90.1  5e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  29.1 
 
 		 316 aa  90.5  5e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  32.64 
 
 		 331 aa  90.5  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  29.84 
 
 		 277 aa  89.4  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  30.96 
 
 		 293 aa  89.4  8e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.86 
 
 		 281 aa  89  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  29.02 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  27.03 
 
 		 302 aa  88.6  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  29.1 
 
 		 279 aa  88.2  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  27.03 
 
 		 302 aa  87.4  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  27.76 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  35.65 
 
 		 292 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  29.55 
 
 		 279 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  27.76 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>