More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0969 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 
311 aa  651    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  81.52 
 
 
309 aa  532  1e-150  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  73.93 
 
 
309 aa  489  1e-137  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  74.59 
 
 
310 aa  489  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  70.68 
 
 
310 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  66.23 
 
 
311 aa  445  1.0000000000000001e-124  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  69.23 
 
 
316 aa  432  1e-120  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  39.59 
 
 
337 aa  228  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  39.59 
 
 
337 aa  226  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  40.33 
 
 
310 aa  225  9e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  40.47 
 
 
310 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  39.33 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  41.81 
 
 
310 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  41.47 
 
 
310 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  39.52 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  38.18 
 
 
331 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  40.27 
 
 
312 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  40.27 
 
 
312 aa  212  5.999999999999999e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  39.12 
 
 
308 aa  212  7.999999999999999e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  39.47 
 
 
312 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  40.07 
 
 
304 aa  206  4e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  39.66 
 
 
313 aa  204  1e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  38.57 
 
 
302 aa  202  8e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  38.78 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  38.23 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  38.44 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  38.38 
 
 
313 aa  196  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  39.18 
 
 
302 aa  193  3e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  37.04 
 
 
505 aa  191  1e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  37.37 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  35.69 
 
 
277 aa  189  4e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  35.64 
 
 
325 aa  189  7e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  37.5 
 
 
310 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  36.27 
 
 
277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  34.29 
 
 
293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  35.11 
 
 
280 aa  181  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  32.64 
 
 
298 aa  180  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  35.91 
 
 
278 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.44 
 
 
316 aa  172  5.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  32.5 
 
 
285 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  33.57 
 
 
317 aa  169  7e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  34.62 
 
 
279 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.27 
 
 
279 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  37.59 
 
 
273 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  32.51 
 
 
293 aa  162  6e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  33.67 
 
 
335 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  34.49 
 
 
279 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.57 
 
 
280 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  33.22 
 
 
278 aa  159  8e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  32.86 
 
 
293 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  32.29 
 
 
310 aa  158  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 
312 aa  156  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  34.87 
 
 
294 aa  154  1e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  33.09 
 
 
330 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  34.53 
 
 
299 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  33.57 
 
 
280 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 
303 aa  153  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.25 
 
 
281 aa  152  8.999999999999999e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  31.94 
 
 
277 aa  150  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  32.73 
 
 
332 aa  150  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  32.75 
 
 
333 aa  150  4e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  32.97 
 
 
351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 
348 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.17 
 
 
286 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  29.64 
 
 
361 aa  143  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  32.99 
 
 
281 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  29.72 
 
 
339 aa  142  7e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  32.33 
 
 
342 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  31.76 
 
 
289 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  33.1 
 
 
349 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  32.38 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  32.25 
 
 
353 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  32.38 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 
321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  32.38 
 
 
316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  32.13 
 
 
280 aa  140  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  30.48 
 
 
338 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  29.15 
 
 
326 aa  140  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  31.02 
 
 
355 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  31.88 
 
 
352 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  33.79 
 
 
302 aa  139  6e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  32.11 
 
 
314 aa  139  7e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  31.43 
 
 
302 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  31.91 
 
 
357 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  31.93 
 
 
279 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  30.34 
 
 
354 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  29.33 
 
 
303 aa  138  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  30.39 
 
 
349 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  31.39 
 
 
302 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  29.76 
 
 
293 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  29.45 
 
 
355 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  28.68 
 
 
286 aa  133  5e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  29.11 
 
 
355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  29.78 
 
 
575 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  29.56 
 
 
364 aa  130  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  30.6 
 
 
315 aa  129  6e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  30.27 
 
 
279 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  30.04 
 
 
337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  31.43 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  31.3 
 
 
268 aa  127  3e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>