215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2506 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 285 aa  572  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  65.22 
 
 		 294 aa  320  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  60.07 
 
 		 294 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  61.9 
 
 		 297 aa  306  3e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  62.64 
 
 		 345 aa  304  9.000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  61.17 
 
 		 296 aa  300  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  61.54 
 
 		 296 aa  300  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  61.54 
 
 		 296 aa  299  4e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  61.31 
 
 		 276 aa  296  4e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  61.9 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  58.24 
 
 		 276 aa  271  7e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  52.03 
 
 		 282 aa  244  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  50.55 
 
 		 269 aa  233  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  45.42 
 
 		 288 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  44.32 
 
 		 288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  41.61 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  45.02 
 
 		 281 aa  196  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  43.38 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  40.5 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  36.26 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  38.31 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  34.42 
 
 		 323 aa  139  3.9999999999999997e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  35.87 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  36.05 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  34.63 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  37.26 
 
 		 379 aa  119  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  33.21 
 
 		 357 aa  112  8.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  40.44 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  38.8 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  31.54 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  39.37 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  41.25 
 
 		 291 aa  96.3  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  31.42 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  37.39 
 
 		 299 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  31.34 
 
 		 299 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  37.39 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  38.46 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  30.94 
 
 		 332 aa  90.5  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  36.03 
 
 		 278 aa  89.7  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  39.05 
 
 		 294 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  38.12 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  33.04 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  32.4 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  28.42 
 
 		 285 aa  87  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  35.36 
 
 		 292 aa  87  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  32.24 
 
 		 292 aa  86.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  30.66 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  30.43 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  30.3 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  35.16 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  34.97 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  36.09 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  33.53 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  28.25 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  30.66 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  30.66 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  26.72 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  30.66 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  27.37 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  33.51 
 
 		 325 aa  79.3  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  30.57 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  26.42 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  29.6 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  35.03 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  31.28 
 
 		 278 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  25.09 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  27.31 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  35.58 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  33.68 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  31.43 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  29.87 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  27.52 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  31.06 
 
 		 361 aa  72.8  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  30.83 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  31.43 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  26.22 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  30 
 
 		 339 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  30.34 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1320  undecaprenyl diphosphate synthase  33.8 
 
 		 564 aa  70.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  28.31 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  29.12 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  32.76 
 
 		 283 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  32.74 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.07 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  28.02 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  25.69 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  35.5 
 
 		 364 aa  68.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  26.98 
 
 		 304 aa  68.9  0.00000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  28.32 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  34.09 
 
 		 294 aa  68.9  0.00000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  30.86 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  26.37 
 
 		 313 aa  68.9  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  26.62 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  26.12 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  29.59 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  33.9 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  31.64 
 
 		 284 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  26.56 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  30.4 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>