211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1941 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 299 aa  599  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  98.66 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  94.43 
 
 		 299 aa  550  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  79.59 
 
 		 298 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  71.74 
 
 		 294 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  67.73 
 
 		 294 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  52.23 
 
 		 292 aa  298  5e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  51.55 
 
 		 292 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  51.55 
 
 		 292 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  52.58 
 
 		 292 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  50.54 
 
 		 292 aa  281  7.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  53.73 
 
 		 292 aa  276  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  54.26 
 
 		 292 aa  276  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  53.61 
 
 		 298 aa  261  8.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  49.32 
 
 		 291 aa  258  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  47.06 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  45.8 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  47.43 
 
 		 278 aa  195  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  37.44 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  38.68 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  37.05 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  36.56 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  38.12 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  37.38 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  35.93 
 
 		 345 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  34.76 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  38.05 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  39.45 
 
 		 276 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  40.11 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  35.27 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  37.23 
 
 		 276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  35.56 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  34.29 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  34.88 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  36.77 
 
 		 379 aa  107  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  28.21 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  30.36 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  36.4 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 357 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  35.14 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  35.14 
 
 		 296 aa  95.9  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  37.39 
 
 		 285 aa  93.6  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  32.08 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  35.67 
 
 		 294 aa  92.8  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  35.87 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  31.7 
 
 		 310 aa  90.9  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  33.33 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  29.57 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  28.81 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  32.61 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  32.11 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  31.73 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  28.63 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  29.95 
 
 		 280 aa  78.2  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  36.26 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  28.74 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  34.86 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  32.16 
 
 		 338 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  27.89 
 
 		 313 aa  72.4  0.000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  26.87 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  29.33 
 
 		 355 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  26.46 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  28.51 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.13 
 
 		 281 aa  70.1  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  30.37 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.01 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  25.93 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  26.77 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  26.9 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  26.29 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  30.46 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  25.34 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  31.15 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  28.21 
 
 		 278 aa  67  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  28.21 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  29.03 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  28.93 
 
 		 324 aa  67  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  29.81 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  26.51 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  23.64 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  31.44 
 
 		 687 aa  65.1  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.79 
 
 		 280 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  33.79 
 
 		 288 aa  65.5  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  28.11 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  28.16 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  27 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  24.64 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  31.03 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  29.58 
 
 		 331 aa  63.5  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  26.98 
 
 		 335 aa  63.5  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  28.43 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.29 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  27.43 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  27.71 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  29.73 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  27.67 
 
 		 349 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  27.27 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  31.25 
 
 		 351 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  29.02 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  26.43 
 
 		 280 aa  61.6  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>