202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2272 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 292 aa  598  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  90.41 
 
 		 292 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  75.43 
 
 		 292 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  74.32 
 
 		 292 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  74.05 
 
 		 292 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  70.89 
 
 		 292 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  69.18 
 
 		 292 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  56.52 
 
 		 294 aa  292  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  53.79 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  52.05 
 
 		 291 aa  285  4e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  53.61 
 
 		 298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  50.34 
 
 		 299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  50 
 
 		 299 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  50.9 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  56.59 
 
 		 294 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  43.24 
 
 		 297 aa  205  6e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  45.24 
 
 		 278 aa  205  8e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  45.31 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  37.13 
 
 		 299 aa  148  9e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  38.98 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  39 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  33.99 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  37.67 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  33.19 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  34.23 
 
 		 269 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  36.57 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  31.23 
 
 		 323 aa  112  7.000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  34.54 
 
 		 282 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  35.2 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  35.98 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  36.84 
 
 		 379 aa  109  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  32.51 
 
 		 293 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  37.37 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  36.36 
 
 		 276 aa  103  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 345 aa  101  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  34.27 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  31.25 
 
 		 310 aa  99  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  33.48 
 
 		 357 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  33.2 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  33.2 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  37.44 
 
 		 309 aa  92.8  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  34.03 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  30.28 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  35.36 
 
 		 285 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  35.98 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  36.31 
 
 		 276 aa  85.9  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  32.49 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  33.89 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  32.77 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  33.05 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  30.81 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  32.19 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  30.54 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  30.7 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  30.85 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  29 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  31.16 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  30.28 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  33.14 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  28.84 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  32.18 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  29.09 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  27.59 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  28.84 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  31.64 
 
 		 310 aa  68.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  29.9 
 
 		 280 aa  68.9  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  27.32 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  26.96 
 
 		 331 aa  67.8  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  30.32 
 
 		 326 aa  67  0.0000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  28.3 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  30.39 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  28.64 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  28.43 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  26.57 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  24.1 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  32.02 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  32.22 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  30.39 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  24.67 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  26.78 
 
 		 273 aa  62.4  0.00000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  33.15 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  33.15 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  33.15 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  24.63 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  27.89 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.32 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  25.83 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  23.11 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  27.98 
 
 		 330 aa  59.7  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  26.84 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  27.14 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  26.32 
 
 		 280 aa  59.3  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  26.89 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  24.81 
 
 		 316 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  26.77 
 
 		 339 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  27.8 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  26.94 
 
 		 311 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  26.24 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.24 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  25.62 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>