More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4441 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 312 aa  625  1e-178  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  89.4 
 
 		 303 aa  496  1e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  55.36 
 
 		 299 aa  281  7.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  50.16 
 
 		 339 aa  262  6.999999999999999e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  53.36 
 
 		 332 aa  261  8e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  50.72 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  48.22 
 
 		 326 aa  245  6e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  47.64 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  47.59 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  47.08 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  46.02 
 
 		 294 aa  219  7e-56  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  47.5 
 
 		 325 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  44.95 
 
 		 317 aa  207  3e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  44.08 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  44.08 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  44.08 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  44.25 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  44.37 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  39.47 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  40.77 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  42.07 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 		 311 aa  169  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  37.78 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  35.57 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  31.16 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  32.61 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  31.1 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  30.07 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  32.12 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  34.46 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  35.17 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  32.19 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  34.13 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  34.72 
 
 		 310 aa  153  5e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  33.79 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  34.74 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  32.55 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  33.45 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  32.62 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  31.21 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.39 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  36.53 
 
 		 331 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  30.55 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  35.17 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  37.31 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  36.54 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  34.04 
 
 		 505 aa  143  4e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  35.88 
 
 		 279 aa  142  7e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  33.1 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  32.89 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  33.1 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  35.11 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  29.97 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  29.29 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  36.84 
 
 		 321 aa  135  7.000000000000001e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  29.63 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  32.03 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  34.19 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  34.73 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  33.45 
 
 		 310 aa  132  7.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  34.46 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  32.91 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  33.46 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  34.75 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  35.96 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  33.45 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  28.78 
 
 		 277 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  31.8 
 
 		 289 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  30.62 
 
 		 273 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  27.82 
 
 		 293 aa  116  6e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  34.46 
 
 		 379 aa  116  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  32.33 
 
 		 361 aa  115  7.999999999999999e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00920  phytoene synthetase  26.99 
 
 		 279 aa  115  8.999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.632268  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  33.85 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  34.59 
 
 		 342 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  33.46 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.86 
 
 		 281 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  32.07 
 
 		 288 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  32.38 
 
 		 354 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  30.59 
 
 		 293 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  30.8 
 
 		 285 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  32.07 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0058  squalene/phytoene synthase  28.23 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0117  squalene/phytoene synthase  33.95 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.59 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.37 
 
 		 279 aa  106  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  29.37 
 
 		 279 aa  106  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  31.66 
 
 		 355 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  32.03 
 
 		 303 aa  105  8e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  29.84 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  29.41 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  31.76 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  29.68 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  32.62 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  31.35 
 
 		 355 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  28.68 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  32.02 
 
 		 278 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  38.55 
 
 		 284 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  29.08 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>