More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1732 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 310 aa  648    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  76.14 
 
 		 310 aa  499  1e-140  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  75.24 
 
 		 309 aa  493  9.999999999999999e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  75.34 
 
 		 316 aa  476  1e-133  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  70.68 
 
 		 311 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  71.2 
 
 		 311 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  68.63 
 
 		 309 aa  464  9.999999999999999e-131  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  38.82 
 
 		 337 aa  239  4e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  38.82 
 
 		 337 aa  239  5.999999999999999e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  41.12 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  41.12 
 
 		 310 aa  229  5e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  40 
 
 		 310 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  37.26 
 
 		 310 aa  227  2e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  40.8 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  37.01 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  40.8 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  38.22 
 
 		 313 aa  223  3e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  38.03 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  37.83 
 
 		 331 aa  218  7e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  38.19 
 
 		 324 aa  216  5e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  37.34 
 
 		 312 aa  215  7e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  37.22 
 
 		 325 aa  215  9e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  38.83 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  39.52 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  40.33 
 
 		 302 aa  213  4.9999999999999996e-54  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  40.2 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  38.87 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  39.33 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  39.67 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  38.05 
 
 		 505 aa  206  4e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  38.73 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  36.84 
 
 		 277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  34.49 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  33.33 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  35.59 
 
 		 277 aa  188  8e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  36 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  34.03 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  34.28 
 
 		 280 aa  185  9e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  38.27 
 
 		 273 aa  178  1e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  37.5 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.99 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  35.56 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  33.45 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.33 
 
 		 281 aa  166  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  34.15 
 
 		 330 aa  165  8e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 293 aa  165  8e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  32.17 
 
 		 285 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  33.82 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.6 
 
 		 279 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  34.6 
 
 		 279 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  33.22 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  35.85 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  34.85 
 
 		 279 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  30.72 
 
 		 293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  33 
 
 		 333 aa  155  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.84 
 
 		 280 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  31.88 
 
 		 348 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  32.62 
 
 		 280 aa  152  5.9999999999999996e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  33.71 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 280 aa  152  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.96 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  33.71 
 
 		 278 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  32.52 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  30.07 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 		 355 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  30.77 
 
 		 342 aa  148  9e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  29.97 
 
 		 326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  31.43 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  32.23 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 351 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  31.39 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  33.45 
 
 		 354 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  29.31 
 
 		 286 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  30.74 
 
 		 361 aa  144  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  32.27 
 
 		 355 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 		 349 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  32.27 
 
 		 355 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  32.73 
 
 		 316 aa  143  5e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  32.73 
 
 		 316 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  32.73 
 
 		 316 aa  143  5e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  28.87 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  31.16 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  30.14 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  30.96 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  31.86 
 
 		 357 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  31.29 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  33.69 
 
 		 318 aa  136  4e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  32.54 
 
 		 281 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  31.03 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  32.85 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  28.32 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  28.31 
 
 		 575 aa  132  9e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  29.74 
 
 		 292 aa  132  9e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  29.35 
 
 		 346 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  31.94 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  30.26 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  31.94 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  30.36 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>