278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1383 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  100 
 
 		 339 aa  673    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  73.42 
 
 		 326 aa  452  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  53.48 
 
 		 332 aa  283  3.0000000000000004e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  52.96 
 
 		 310 aa  272  6e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  50.16 
 
 		 312 aa  252  6e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  47.77 
 
 		 321 aa  251  2e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  48.91 
 
 		 316 aa  248  1e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  48.91 
 
 		 316 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  48.91 
 
 		 316 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  51.34 
 
 		 303 aa  246  4e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  48.9 
 
 		 299 aa  245  8e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  46.29 
 
 		 330 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  48.47 
 
 		 325 aa  231  9e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  46.54 
 
 		 315 aa  227  3e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  45.78 
 
 		 317 aa  216  5e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  44.19 
 
 		 314 aa  209  7e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  42.49 
 
 		 293 aa  205  7e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  41.81 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  44.03 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  35.41 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  34.5 
 
 		 325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  35.03 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  34.47 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  34.41 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  31.82 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  34.41 
 
 		 310 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  33.55 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  33.96 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  32.43 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  31.88 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  33.22 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  31.65 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  36.64 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  34.8 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  32.52 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  31.49 
 
 		 309 aa  150  4e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  35.41 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  34.93 
 
 		 293 aa  149  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  35.96 
 
 		 337 aa  149  7e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  33.97 
 
 		 313 aa  149  9e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  34.9 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  32.32 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  30.98 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  30.07 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  34.32 
 
 		 302 aa  146  6e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  32.66 
 
 		 312 aa  142  6e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  32.88 
 
 		 277 aa  142  6e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  29.72 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  32.66 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  30.24 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  34.83 
 
 		 324 aa  136  4e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  31.77 
 
 		 280 aa  136  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  37.18 
 
 		 318 aa  136  6.0000000000000005e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  36.36 
 
 		 331 aa  135  8e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  34.15 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  31.02 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  30.85 
 
 		 278 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  34.78 
 
 		 279 aa  126  5e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  30.9 
 
 		 293 aa  126  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  31.1 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  34.59 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.93 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  31.58 
 
 		 505 aa  121  1.9999999999999998e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.17 
 
 		 279 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  30.17 
 
 		 279 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.56 
 
 		 281 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  33.83 
 
 		 321 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  30.99 
 
 		 279 aa  119  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  34.28 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  35.4 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  29.76 
 
 		 273 aa  117  3e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  33.08 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  30.43 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  29.25 
 
 		 280 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  32.62 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  30.99 
 
 		 281 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.19 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  30.38 
 
 		 279 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1075  squalene/phytoene synthase  31.34 
 
 		 283 aa  110  5e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.83 
 
 		 286 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0117  squalene/phytoene synthase  34.75 
 
 		 274 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  31.77 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  27.36 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  31.62 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  26.53 
 
 		 268 aa  107  4e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  26.43 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  31.11 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  28.93 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  32.59 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  28.3 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  29.15 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  29.59 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  32.57 
 
 		 352 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  31.21 
 
 		 280 aa  99.8  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  29.5 
 
 		 357 aa  98.6  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  30.34 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.38 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00920  phytoene synthetase  28.31 
 
 		 279 aa  97.1  4e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.632268  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  30.45 
 
 		 303 aa  96.3  8e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>