273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1042 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 286 aa  591  1e-168  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  47.86 
 
 		 293 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  46.4 
 
 		 277 aa  272  6e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  47.64 
 
 		 278 aa  267  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  45.71 
 
 		 285 aa  265  5e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  43.8 
 
 		 277 aa  251  7e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  42.96 
 
 		 280 aa  245  4.9999999999999997e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  45.26 
 
 		 279 aa  243  3e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  44.89 
 
 		 279 aa  241  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  44.09 
 
 		 279 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  44.44 
 
 		 278 aa  236  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  43.01 
 
 		 280 aa  231  8.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  43.75 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  42.03 
 
 		 284 aa  230  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  43.07 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  45.05 
 
 		 281 aa  224  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  41.73 
 
 		 281 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  43.01 
 
 		 279 aa  217  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1652  putative phytoene synthase protein  40.58 
 
 		 290 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.665297 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1565  squalene synthase HpnD  39.07 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0179833  normal  0.166486 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  43.21 
 
 		 286 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1894  squalene synthase HpnD  38.85 
 
 		 277 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635436  normal  0.151415 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  39.64 
 
 		 280 aa  209  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  41.11 
 
 		 287 aa  205  9e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  39.42 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2098  phytoene synthase, putative  38.13 
 
 		 278 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.389143  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  38.13 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  38.13 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1958  squalene synthase HpnD  37 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340477  normal  0.450684 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  38.13 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1482  phytoene synthase, putative  38.32 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135853  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2502  phytoene synthase, putative  38.32 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1006  squalene/phytoene synthase  37 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109233  normal  0.62289 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1337  squalene synthase HpnD  38.1 
 
 		 352 aa  175  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00058937 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1849  squalene synthase HpnD  37.91 
 
 		 277 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.775732  hitchhiker  0.00598695 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2389  putative phytoene synthase  37.5 
 
 		 280 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2347  putative phytoene synthase  37.5 
 
 		 280 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1922  squalene/phytoene synthase  38.1 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5245  squalene/phytoene synthase  37.36 
 
 		 303 aa  171  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6145  squalene/phytoene synthase  37.36 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1934  squalene/phytoene synthase  37.36 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2303  putative phytoene synthase  35.69 
 
 		 284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1883  Squalene/phytoene synthase  36.8 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0657917 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  30.53 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  31.95 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  31.14 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  32.03 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  29.31 
 
 		 310 aa  145  6e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  31.16 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  31.27 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  29.92 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  34.21 
 
 		 337 aa  133  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  28.68 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  29.71 
 
 		 312 aa  127  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  29.71 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  27.17 
 
 		 268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  27.46 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  27.46 
 
 		 310 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  32.58 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.37 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  29.14 
 
 		 304 aa  122  5e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  28.78 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  27.13 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  30.58 
 
 		 337 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.42 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  29.43 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  28.37 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  26.3 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  28.62 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  28.62 
 
 		 302 aa  118  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  27.82 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  35.63 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  28.25 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  27.64 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  27.5 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  28.57 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  28.9 
 
 		 294 aa  116  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  29.3 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  30.04 
 
 		 310 aa  115  6e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  29.79 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  30.09 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  27.88 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  27.69 
 
 		 283 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  29.29 
 
 		 324 aa  112  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  36.26 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  30.15 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  30.08 
 
 		 282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  31.85 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  33.93 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  31.66 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  32.7 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  27.86 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  28.12 
 
 		 273 aa  107  3e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  29.57 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  33.33 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  27.61 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  27.07 
 
 		 292 aa  102  7e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  29.06 
 
 		 505 aa  102  9e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>