282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1833 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  100 
 
 		 283 aa  569  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  94.35 
 
 		 283 aa  511  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  94.35 
 
 		 283 aa  511  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  79.51 
 
 		 283 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  74.91 
 
 		 283 aa  418  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  75.95 
 
 		 284 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  54.96 
 
 		 279 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  53.74 
 
 		 282 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  53.74 
 
 		 282 aa  292  3e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  53.74 
 
 		 282 aa  292  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  53.74 
 
 		 282 aa  292  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  53.74 
 
 		 282 aa  292  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  53.11 
 
 		 279 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  56.27 
 
 		 282 aa  290  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  56.27 
 
 		 275 aa  289  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  53.02 
 
 		 397 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  52.65 
 
 		 282 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  55.89 
 
 		 279 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  55.89 
 
 		 282 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  54.75 
 
 		 286 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  51.94 
 
 		 282 aa  284  9e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  55.51 
 
 		 282 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  55.51 
 
 		 279 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  54.75 
 
 		 344 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  55.51 
 
 		 294 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  54.92 
 
 		 279 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  52.67 
 
 		 282 aa  278  8e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  50 
 
 		 282 aa  276  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  54.05 
 
 		 290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  51.25 
 
 		 306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  48.41 
 
 		 278 aa  265  5.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  53.43 
 
 		 285 aa  263  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  49.81 
 
 		 278 aa  258  9e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  50.18 
 
 		 301 aa  242  6e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  49.24 
 
 		 298 aa  216  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  48.05 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  45.52 
 
 		 687 aa  209  5e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  38.56 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  37.31 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  37.13 
 
 		 285 aa  157  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  38.11 
 
 		 277 aa  155  8e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  34.41 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  37.34 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  37.34 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.32 
 
 		 281 aa  137  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  33.84 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  35.46 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  35.66 
 
 		 280 aa  135  9e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.83 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  32.57 
 
 		 278 aa  132  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  33.45 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  36.44 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  31.42 
 
 		 268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  32.81 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  35.14 
 
 		 289 aa  125  6e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.14 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  32.7 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  37 
 
 		 338 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  35.5 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  31.96 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  31.96 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  29.92 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.7 
 
 		 287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 337 aa  112  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  35.78 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  35.59 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  27.69 
 
 		 286 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  30.59 
 
 		 309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  34.24 
 
 		 337 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  35.6 
 
 		 316 aa  105  6e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  26.17 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 310 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  32.08 
 
 		 324 aa  105  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  35.16 
 
 		 310 aa  105  8e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  29.82 
 
 		 310 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 575 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  35.14 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  29.5 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  34.32 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  32.26 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  34.25 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  35.66 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  36.32 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  31.47 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  27.64 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  28.62 
 
 		 312 aa  99.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  31.73 
 
 		 273 aa  99.4  6e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  31.11 
 
 		 304 aa  99  7e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 311 aa  99  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.83 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  35.15 
 
 		 364 aa  97.4  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  30.95 
 
 		 313 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  30.65 
 
 		 325 aa  97.4  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  31.73 
 
 		 312 aa  95.9  7e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  31.54 
 
 		 284 aa  95.9  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  38.42 
 
 		 331 aa  95.5  8e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  31.73 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  37.13 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  32.8 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>