More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1601 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 575 aa  1135    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  35.23 
 
 		 324 aa  147  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  37.27 
 
 		 338 aa  144  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  32.72 
 
 		 311 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  38.95 
 
 		 337 aa  142  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  37.4 
 
 		 342 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  36.33 
 
 		 337 aa  139  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  29.41 
 
 		 310 aa  137  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  31.5 
 
 		 316 aa  136  9e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  35.97 
 
 		 337 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  38.87 
 
 		 331 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  32.71 
 
 		 313 aa  135  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  28.67 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  29.52 
 
 		 309 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  37.27 
 
 		 361 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  28.31 
 
 		 310 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  35.69 
 
 		 355 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  35.36 
 
 		 298 aa  131  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  35.69 
 
 		 355 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  29.78 
 
 		 311 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  37.08 
 
 		 364 aa  130  7.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  35.61 
 
 		 277 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  36.74 
 
 		 280 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  33.46 
 
 		 333 aa  126  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  33.95 
 
 		 310 aa  126  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  37.15 
 
 		 351 aa  126  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  38.52 
 
 		 353 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  35.07 
 
 		 348 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  34.32 
 
 		 354 aa  125  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  38.15 
 
 		 352 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  32.04 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 355 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  32.04 
 
 		 316 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  32.04 
 
 		 316 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  31.58 
 
 		 278 aa  121  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 349 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  30.8 
 
 		 280 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  31.52 
 
 		 273 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  28.78 
 
 		 277 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  31.89 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  37.04 
 
 		 357 aa  117  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  28.75 
 
 		 325 aa  117  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  33.11 
 
 		 302 aa  116  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  31.67 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  33.95 
 
 		 335 aa  115  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  34.24 
 
 		 283 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  32.84 
 
 		 289 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  33.1 
 
 		 332 aa  114  5e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  30.17 
 
 		 313 aa  114  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  31.94 
 
 		 304 aa  113  8.000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  32.29 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  30.45 
 
 		 280 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  30.69 
 
 		 321 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  31.09 
 
 		 310 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  37.39 
 
 		 283 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  30.87 
 
 		 310 aa  112  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  30.63 
 
 		 277 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  31.09 
 
 		 310 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  30.45 
 
 		 310 aa  112  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  33.45 
 
 		 327 aa  110  5e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  30.22 
 
 		 285 aa  111  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  33.21 
 
 		 346 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  28.62 
 
 		 279 aa  110  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  31.36 
 
 		 315 aa  110  8.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  32.47 
 
 		 302 aa  110  1e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  29.21 
 
 		 293 aa  109  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  32.03 
 
 		 304 aa  109  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  29.35 
 
 		 279 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  30.04 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  30.66 
 
 		 312 aa  108  3e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  30.06 
 
 		 310 aa  108  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  29.86 
 
 		 293 aa  108  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  30.77 
 
 		 312 aa  107  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  30.64 
 
 		 302 aa  107  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  37.16 
 
 		 311 aa  107  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  29.26 
 
 		 302 aa  107  6e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.34 
 
 		 280 aa  106  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  29.26 
 
 		 302 aa  106  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  29.59 
 
 		 302 aa  105  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  28.19 
 
 		 279 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  32.54 
 
 		 318 aa  105  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  31 
 
 		 687 aa  105  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  31.2 
 
 		 279 aa  104  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 283 aa  104  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.8 
 
 		 279 aa  104  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  31.01 
 
 		 325 aa  103  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  29.02 
 
 		 281 aa  103  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1513  hypothetical protein  42.33 
 
 		 302 aa  103  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0146288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3100  protein of unknown function DUF422  36.27 
 
 		 289 aa  103  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  30.18 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  32.95 
 
 		 314 aa  102  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  28.89 
 
 		 302 aa  102  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  30.71 
 
 		 326 aa  102  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  31.08 
 
 		 303 aa  102  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  29.47 
 
 		 310 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  29.93 
 
 		 317 aa  101  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.63 
 
 		 281 aa  100  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  29.66 
 
 		 293 aa  100  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  31.65 
 
 		 282 aa  99.4  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>