293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4010 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 349 aa  701    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  94.84 
 
 		 349 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  92.26 
 
 		 355 aa  657    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  84.48 
 
 		 348 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  56.23 
 
 		 342 aa  358  7e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  54 
 
 		 346 aa  345  7e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  51.9 
 
 		 364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  52.21 
 
 		 351 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  50 
 
 		 338 aa  300  3e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  46.97 
 
 		 361 aa  297  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  52.46 
 
 		 357 aa  290  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  45.3 
 
 		 354 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  45.18 
 
 		 355 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  45.18 
 
 		 355 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  50.29 
 
 		 352 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  51.17 
 
 		 353 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  49.19 
 
 		 337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  42.65 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  32.27 
 
 		 310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  41.39 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  32.5 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  36.9 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  30.39 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  33.09 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  36.3 
 
 		 323 aa  146  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  36.23 
 
 		 327 aa  145  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  37.28 
 
 		 298 aa  143  6e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  33.1 
 
 		 311 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  31.39 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  34.7 
 
 		 324 aa  135  8e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  35.36 
 
 		 337 aa  135  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  35.8 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  35.02 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  35.79 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  35.87 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  32.95 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  30.58 
 
 		 310 aa  125  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  32.01 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  33.22 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  31.84 
 
 		 277 aa  122  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  31.56 
 
 		 310 aa  122  9e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  30.51 
 
 		 277 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 575 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  35.69 
 
 		 310 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  33.7 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  31.6 
 
 		 325 aa  119  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  32.97 
 
 		 277 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  34.46 
 
 		 331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  31.8 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  32.86 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  31.21 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  30.48 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  31.21 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  32.3 
 
 		 279 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.43 
 
 		 281 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  32.1 
 
 		 280 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  31.1 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  30.63 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.46 
 
 		 280 aa  110  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  34.66 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  29.6 
 
 		 302 aa  109  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  27.88 
 
 		 278 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  31.8 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  28.88 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  31.56 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  33.7 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  31.72 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  30.58 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  30.58 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  30.86 
 
 		 278 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  30.35 
 
 		 279 aa  106  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.35 
 
 		 279 aa  106  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.23 
 
 		 316 aa  106  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  30.66 
 
 		 312 aa  105  8e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  31.8 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  30.77 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  31.16 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  30.22 
 
 		 280 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  31.13 
 
 		 293 aa  104  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  32.19 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  31.54 
 
 		 293 aa  103  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  27.8 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  30.69 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  31.16 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  30.4 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  27.8 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  29.82 
 
 		 330 aa  100  5e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  29.89 
 
 		 326 aa  100  5e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  27.14 
 
 		 303 aa  99.8  7e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.68 
 
 		 286 aa  99.4  9e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  31.31 
 
 		 310 aa  98.6  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  29.59 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  32.27 
 
 		 302 aa  98.6  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  31.2 
 
 		 281 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  29.76 
 
 		 273 aa  96.3  7e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  31.13 
 
 		 279 aa  95.9  8e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  30.18 
 
 		 505 aa  94  3e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  25.91 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  30.85 
 
 		 326 aa  94  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>