253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_3132 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 327 aa  646    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  55.8 
 
 		 323 aa  345  5e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  47.21 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  42.58 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  38.85 
 
 		 355 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  37.32 
 
 		 355 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  37.82 
 
 		 348 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  36.23 
 
 		 349 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  39.53 
 
 		 338 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  35.66 
 
 		 349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  40.69 
 
 		 351 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  35.25 
 
 		 364 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  36.33 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  37.46 
 
 		 361 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  37.37 
 
 		 346 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  34.91 
 
 		 354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  33.55 
 
 		 337 aa  129  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  34.81 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  34.18 
 
 		 355 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  28.37 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  34.18 
 
 		 355 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  27.41 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  39.5 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  29.93 
 
 		 277 aa  116  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  29 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  33.94 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  30.32 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  27.51 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  38.32 
 
 		 353 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  37.98 
 
 		 352 aa  113  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.96 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  28.41 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  33.45 
 
 		 575 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  28.04 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  28.11 
 
 		 316 aa  109  8.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  32.31 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  29.31 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  28.97 
 
 		 310 aa  107  3e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  30.6 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  29.15 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  29.15 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  29.15 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  26.24 
 
 		 277 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  28.37 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  31.46 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  32.29 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  30.21 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  30.55 
 
 		 280 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  28.37 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  27.08 
 
 		 280 aa  99  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  26.94 
 
 		 313 aa  99  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  29.45 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  28.74 
 
 		 273 aa  98.2  1e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  27.01 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  29.82 
 
 		 279 aa  96.7  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.47 
 
 		 279 aa  96.7  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  29.48 
 
 		 279 aa  95.9  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  30.14 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  29.85 
 
 		 505 aa  95.1  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  32.11 
 
 		 299 aa  95.1  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  32.96 
 
 		 310 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  26.04 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  30.48 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  28.19 
 
 		 278 aa  93.2  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.22 
 
 		 286 aa  93.2  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  29.05 
 
 		 293 aa  92.4  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  26.46 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  25.35 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.58 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.19 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  30.53 
 
 		 331 aa  90.5  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  30.17 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  26.67 
 
 		 313 aa  90.1  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  28.47 
 
 		 285 aa  89.7  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  31.14 
 
 		 289 aa  89.4  7e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  29.12 
 
 		 312 aa  89.4  7e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  29.12 
 
 		 312 aa  89.4  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  32 
 
 		 282 aa  89  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  31.48 
 
 		 277 aa  88.6  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  26.69 
 
 		 278 aa  89  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  33.99 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  33.99 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  30.91 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  29.53 
 
 		 280 aa  87  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  33.99 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  31.6 
 
 		 306 aa  85.9  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  28.24 
 
 		 293 aa  85.9  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  30.91 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  29.43 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  29.77 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  29.48 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  31.52 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  31.89 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  30.8 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  31.12 
 
 		 687 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  31.96 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1047  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.14 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.477192  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  29.62 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>