299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1700 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 355 aa  717    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  92.26 
 
 		 349 aa  657    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  90.83 
 
 		 349 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  83.33 
 
 		 348 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  54.62 
 
 		 342 aa  349  4e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  53.8 
 
 		 346 aa  346  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  51.87 
 
 		 364 aa  330  2e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  52.51 
 
 		 351 aa  323  4e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  50 
 
 		 338 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  48.27 
 
 		 361 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  45.86 
 
 		 354 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  45.45 
 
 		 355 aa  299  6e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  45.45 
 
 		 355 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  49.68 
 
 		 337 aa  293  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  52.49 
 
 		 357 aa  291  1e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  50.72 
 
 		 353 aa  290  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  50.58 
 
 		 352 aa  287  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  43.73 
 
 		 311 aa  196  7e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  42.09 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  32.5 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  37.59 
 
 		 333 aa  159  9e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  37.32 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  36.64 
 
 		 323 aa  152  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  31.02 
 
 		 309 aa  149  9e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  32.99 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  31.75 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  37.28 
 
 		 298 aa  143  5e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  35.07 
 
 		 324 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  31.02 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  36.47 
 
 		 337 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  36.58 
 
 		 355 aa  139  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  36.09 
 
 		 337 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  31.56 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  32.73 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  32.62 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  31.54 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  32.26 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  35.45 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  36.97 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  31.25 
 
 		 277 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  35.14 
 
 		 313 aa  126  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  34.85 
 
 		 331 aa  125  9e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  33.57 
 
 		 312 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  31.46 
 
 		 277 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 575 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  33.7 
 
 		 280 aa  120  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  33.07 
 
 		 279 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  33.82 
 
 		 277 aa  119  9e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  30.86 
 
 		 293 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  32.26 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.79 
 
 		 281 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  31.54 
 
 		 310 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  32.26 
 
 		 310 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  32.1 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  33.82 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  32.03 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  32.75 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  31.95 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  29.24 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  30.94 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  32.65 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  30.22 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.2 
 
 		 280 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.74 
 
 		 279 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  30.74 
 
 		 279 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  29.1 
 
 		 278 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  29.24 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  31.72 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  32.6 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.91 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  32.51 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  31.06 
 
 		 304 aa  110  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  30.85 
 
 		 313 aa  109  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  31.52 
 
 		 279 aa  109  9.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  32.71 
 
 		 310 aa  109  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  31.13 
 
 		 293 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  30.77 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  30.77 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  32.18 
 
 		 332 aa  107  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  32.39 
 
 		 294 aa  106  6e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  31.23 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  30.68 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  29 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  27.44 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  31.46 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.71 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  29.24 
 
 		 273 aa  102  8e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  31.52 
 
 		 281 aa  102  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  30.88 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  27.31 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  31.16 
 
 		 325 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  27.44 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  29.82 
 
 		 330 aa  99.8  6e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  30.48 
 
 		 302 aa  99.8  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  31.13 
 
 		 279 aa  98.6  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  31.02 
 
 		 505 aa  95.9  9e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  33 
 
 		 289 aa  95.5  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  32.8 
 
 		 288 aa  95.9  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>