203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02163 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  100 
 
 		 304 aa  630  1e-180  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  32.09 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  32.49 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  32.03 
 
 		 348 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  33.09 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  33.21 
 
 		 346 aa  116  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  31.65 
 
 		 333 aa  115  6e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.18 
 
 		 323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  31.8 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  30.32 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  31.42 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  31.06 
 
 		 355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  32.03 
 
 		 575 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  31.5 
 
 		 351 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  35.68 
 
 		 355 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  28.78 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  33.61 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  29.63 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  29.3 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  28.62 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  29.28 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  31.25 
 
 		 324 aa  103  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  29.89 
 
 		 278 aa  102  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  29.64 
 
 		 268 aa  102  9e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  28.47 
 
 		 330 aa  101  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  31.01 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  30.82 
 
 		 355 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  30.82 
 
 		 355 aa  97.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  27.4 
 
 		 309 aa  95.9  7e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  29.43 
 
 		 354 aa  95.5  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.66 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  29.21 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  30.69 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  29.14 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  34.31 
 
 		 353 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  34.55 
 
 		 352 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  29.35 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  28.62 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.86 
 
 		 279 aa  90.5  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  26.59 
 
 		 277 aa  90.1  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  27.69 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  29.86 
 
 		 326 aa  89.7  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  30.97 
 
 		 285 aa  89  8e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  28.9 
 
 		 280 aa  89  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  33.74 
 
 		 277 aa  89  9e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  27.54 
 
 		 310 aa  89  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  28.33 
 
 		 277 aa  88.2  2e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  29.81 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  27.78 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  28.62 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  28.74 
 
 		 279 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  31.13 
 
 		 311 aa  86.7  4e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  30.6 
 
 		 361 aa  86.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  30.59 
 
 		 337 aa  87  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  32.3 
 
 		 357 aa  87  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  29.1 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  28.08 
 
 		 337 aa  86.3  6e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  26.89 
 
 		 279 aa  85.9  7e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  27.74 
 
 		 335 aa  85.9  8e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  28.48 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  26.94 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  34.34 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1075  squalene/phytoene synthase  26.42 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  27.61 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  27.01 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  26.01 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  30.25 
 
 		 505 aa  80.5  0.00000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0064  phytoene/squalene synthetase  29.51 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  29.88 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  27 
 
 		 280 aa  80.1  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  26.35 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  26.35 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  28.16 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  26.35 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  27.11 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  28.88 
 
 		 321 aa  79  0.00000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  31.49 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  30.4 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  29.72 
 
 		 325 aa  78.2  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  28.46 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  30.42 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.01 
 
 		 281 aa  77  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  28.41 
 
 		 288 aa  76.3  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1047  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.3 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.477192  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  27.92 
 
 		 316 aa  75.5  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  25.86 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  26.24 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  32.53 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  27.16 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  27.49 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  28.95 
 
 		 279 aa  74.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.99 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  27.92 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  26.96 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  26.96 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  25.62 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  25.89 
 
 		 325 aa  72.4  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>