271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0270 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  100 
 
 		 355 aa  702    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  91.27 
 
 		 354 aa  647    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  99.72 
 
 		 355 aa  698    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  62.68 
 
 		 361 aa  391  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  58.77 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  45.45 
 
 		 355 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  50.42 
 
 		 346 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  45.18 
 
 		 349 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  46.13 
 
 		 348 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  44.32 
 
 		 349 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  51.76 
 
 		 342 aa  279  5e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  52.06 
 
 		 338 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  52.83 
 
 		 351 aa  268  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  54.31 
 
 		 352 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  50.57 
 
 		 357 aa  259  6e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  47.48 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  53.04 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  38.68 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  39.22 
 
 		 355 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  38.56 
 
 		 311 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  32.27 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  30.45 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  32 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.87 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  36.49 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  31.6 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  37.93 
 
 		 337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  35.69 
 
 		 575 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  29.11 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  36.13 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  37.13 
 
 		 331 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  35.74 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  36.92 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  34.74 
 
 		 277 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  34.98 
 
 		 285 aa  126  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  34.46 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  30.21 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  33.81 
 
 		 293 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  30.64 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  34.18 
 
 		 327 aa  119  7e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  30.3 
 
 		 310 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  31.05 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  31.6 
 
 		 312 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  28.76 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  28.17 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  31.87 
 
 		 292 aa  113  5e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  36.9 
 
 		 294 aa  113  5e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  32.78 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  29.05 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  29.37 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  33.45 
 
 		 280 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  31.87 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  30.5 
 
 		 278 aa  109  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  31.78 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  28.14 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  28.97 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  30.58 
 
 		 304 aa  105  2e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.21 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  32 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  31.31 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  31.96 
 
 		 332 aa  103  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  31.35 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.52 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  32.35 
 
 		 279 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  31.29 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  27.78 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  31.29 
 
 		 280 aa  99  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  27.78 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  32.38 
 
 		 324 aa  99  1e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  28.42 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  32.87 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  29.45 
 
 		 302 aa  98.6  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  28.99 
 
 		 273 aa  97.8  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  32.21 
 
 		 293 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  34.56 
 
 		 310 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  30.82 
 
 		 304 aa  97.4  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  30.77 
 
 		 278 aa  97.4  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  28.77 
 
 		 302 aa  97.4  4e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  28.32 
 
 		 316 aa  96.3  8e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  31.25 
 
 		 299 aa  95.9  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  31.16 
 
 		 280 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  30.93 
 
 		 288 aa  94  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.11 
 
 		 281 aa  93.2  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  30.6 
 
 		 326 aa  93.6  5e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  31.63 
 
 		 310 aa  93.6  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.57 
 
 		 316 aa  93.2  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  40.88 
 
 		 284 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  30.96 
 
 		 505 aa  91.3  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  30.15 
 
 		 279 aa  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  30.32 
 
 		 277 aa  92  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  30.23 
 
 		 339 aa  90.5  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 291 aa  90.5  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  30.77 
 
 		 279 aa  90.5  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.77 
 
 		 279 aa  90.1  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  26.74 
 
 		 293 aa  90.1  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  39.66 
 
 		 283 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  31.43 
 
 		 268 aa  89.7  6e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>