286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6349 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  100 
 
 		 284 aa  546  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  89.08 
 
 		 283 aa  483  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  75 
 
 		 283 aa  408  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  74.3 
 
 		 283 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  74.3 
 
 		 283 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  74.3 
 
 		 283 aa  383  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  59.33 
 
 		 397 aa  298  6e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  57.04 
 
 		 279 aa  298  7e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  59.7 
 
 		 282 aa  298  8e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  59.7 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  59.7 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  57.45 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  59.7 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  59.7 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  57.58 
 
 		 279 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  60.23 
 
 		 279 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  62 
 
 		 275 aa  295  8e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  59.09 
 
 		 282 aa  295  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  58.33 
 
 		 306 aa  293  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  59.47 
 
 		 279 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  57.53 
 
 		 290 aa  289  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  59.32 
 
 		 294 aa  288  6e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  56.44 
 
 		 278 aa  285  5e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  56.44 
 
 		 279 aa  285  8e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  55.68 
 
 		 282 aa  280  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  56.06 
 
 		 282 aa  280  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  57.14 
 
 		 278 aa  280  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  56.06 
 
 		 282 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  55.3 
 
 		 286 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  58.4 
 
 		 285 aa  276  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  55.3 
 
 		 282 aa  277  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  55.3 
 
 		 344 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  55.51 
 
 		 282 aa  275  6e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  54.9 
 
 		 301 aa  262  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  51.26 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  48.98 
 
 		 687 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  50.81 
 
 		 290 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  37.97 
 
 		 278 aa  159  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  39.44 
 
 		 293 aa  155  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  39.52 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  35.63 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  40.09 
 
 		 277 aa  145  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  36.11 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  35.69 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  32.57 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  37.7 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  36.59 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.48 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  32.84 
 
 		 293 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.48 
 
 		 279 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  35.48 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  36.4 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  36.25 
 
 		 280 aa  126  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  34.68 
 
 		 278 aa  123  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  35.08 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  37.22 
 
 		 289 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  37.79 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  36 
 
 		 281 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  37.61 
 
 		 286 aa  115  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  38.6 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  38.06 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  36.26 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  30.71 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  37.92 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  36.51 
 
 		 575 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  29.69 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  35.04 
 
 		 324 aa  104  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  30.47 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  38.55 
 
 		 312 aa  102  5e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  29.69 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  35.59 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  30.77 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  39.38 
 
 		 364 aa  101  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  39.23 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  30.4 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.64 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  35.36 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  36.51 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  32.97 
 
 		 325 aa  100  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  36.02 
 
 		 311 aa  99.8  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  35.87 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  38.46 
 
 		 342 aa  99.4  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  34.3 
 
 		 303 aa  99.4  6e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  34.24 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  40.58 
 
 		 337 aa  99.4  7e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  41.99 
 
 		 361 aa  98.6  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  38.71 
 
 		 331 aa  98.2  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  37.43 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  41.28 
 
 		 353 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  34.59 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  30.56 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  34.74 
 
 		 312 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  34.45 
 
 		 313 aa  96.3  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  36.18 
 
 		 276 aa  96.3  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  41.34 
 
 		 354 aa  95.9  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  35.6 
 
 		 273 aa  95.9  6e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  32.61 
 
 		 302 aa  95.9  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  38.05 
 
 		 337 aa  95.9  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  31.75 
 
 		 505 aa  94.7  1e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>