292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4149 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  100 
 
 
282 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  73.52 
 
 
301 aa  385  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  56.94 
 
 
282 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  56.58 
 
 
306 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  61.22 
 
 
283 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  58.89 
 
 
279 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  59.06 
 
 
278 aa  306  3e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  56.98 
 
 
286 aa  298  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  56.6 
 
 
282 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  60.47 
 
 
278 aa  298  7e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  56.98 
 
 
344 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  53.74 
 
 
282 aa  295  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  53.74 
 
 
282 aa  295  7e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  56.23 
 
 
282 aa  294  9e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  55.07 
 
 
279 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  56.73 
 
 
279 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  54.8 
 
 
283 aa  291  6e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  53.38 
 
 
282 aa  291  9e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  57.47 
 
 
279 aa  289  3e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  55.81 
 
 
290 aa  287  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  59.77 
 
 
284 aa  287  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  56.65 
 
 
279 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  53.96 
 
 
282 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  53.96 
 
 
282 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  53.96 
 
 
282 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  53.96 
 
 
397 aa  279  4e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  59.4 
 
 
285 aa  279  4e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  53.96 
 
 
282 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  53.96 
 
 
282 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  53.96 
 
 
275 aa  279  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  54.65 
 
 
294 aa  277  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  50 
 
 
283 aa  276  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  51.06 
 
 
283 aa  265  5e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  51.06 
 
 
283 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  48.11 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  45.69 
 
 
687 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  45 
 
 
290 aa  190  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  34.2 
 
 
277 aa  149  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  34.3 
 
 
293 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  34.46 
 
 
288 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  34.51 
 
 
285 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  31.14 
 
 
278 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  32.57 
 
 
277 aa  136  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  32.72 
 
 
280 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  31.85 
 
 
279 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  31.99 
 
 
280 aa  132  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  32.94 
 
 
278 aa  132  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.23 
 
 
279 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  31.23 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  31.99 
 
 
279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  32.35 
 
 
302 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.88 
 
 
280 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  29 
 
 
293 aa  123  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  31.84 
 
 
268 aa  122  7e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.09 
 
 
281 aa  122  9e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  33.21 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.96 
 
 
286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.57 
 
 
287 aa  119  7e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  35.43 
 
 
288 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  29.74 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  34.08 
 
 
338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  36.87 
 
 
300 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  30.3 
 
 
303 aa  103  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  39.33 
 
 
287 aa  102  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  31.65 
 
 
575 aa  99.4  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  34 
 
 
303 aa  99.8  5e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  30.94 
 
 
333 aa  99  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  33.52 
 
 
310 aa  98.2  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  34.49 
 
 
351 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  31.34 
 
 
309 aa  98.2  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  26.12 
 
 
293 aa  97.1  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  31.35 
 
 
297 aa  96.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  32.73 
 
 
292 aa  96.3  5e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  35.52 
 
 
304 aa  95.5  8e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  31.46 
 
 
273 aa  95.9  8e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  32.08 
 
 
296 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  33.82 
 
 
324 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  31.72 
 
 
309 aa  94  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  32.95 
 
 
337 aa  94  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  35.68 
 
 
310 aa  94.7  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  34.18 
 
 
342 aa  94  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  36.36 
 
 
312 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  34.03 
 
 
302 aa  93.6  4e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  31.82 
 
 
286 aa  92.8  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  39.66 
 
 
331 aa  92.8  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  28.83 
 
 
310 aa  92.8  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  28.83 
 
 
310 aa  92.4  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  34.07 
 
 
310 aa  92  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  34.22 
 
 
316 aa  92  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  33.7 
 
 
308 aa  91.7  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  33.16 
 
 
310 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  35.96 
 
 
361 aa  90.9  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  31.03 
 
 
276 aa  90.9  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  33.15 
 
 
311 aa  90.9  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  31.38 
 
 
310 aa  91.3  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  30.53 
 
 
337 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  34.83 
 
 
302 aa  90.1  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  37.36 
 
 
282 aa  89.7  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  35 
 
 
302 aa  89.7  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 
309 aa  89  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>