275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5506 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  100 
 
 		 282 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  99.29 
 
 		 282 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  95.04 
 
 		 282 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  94.68 
 
 		 282 aa  534  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  94.68 
 
 		 286 aa  530  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  93.97 
 
 		 282 aa  529  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  94.68 
 
 		 344 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  82.62 
 
 		 282 aa  454  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  82.62 
 
 		 282 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  82.62 
 
 		 282 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  81.56 
 
 		 397 aa  450  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  82.62 
 
 		 282 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  82.62 
 
 		 282 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  82.18 
 
 		 275 aa  441  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  75.89 
 
 		 282 aa  424  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  74.47 
 
 		 306 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  76.6 
 
 		 290 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  64.15 
 
 		 279 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  61.37 
 
 		 279 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  63.33 
 
 		 279 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  57.56 
 
 		 278 aa  310  2e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  58.96 
 
 		 279 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  59.85 
 
 		 278 aa  306  3e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  57.71 
 
 		 279 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  53.74 
 
 		 282 aa  295  7e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  55.68 
 
 		 294 aa  289  3e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  55.51 
 
 		 283 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  57.03 
 
 		 283 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  54.09 
 
 		 283 aa  278  5e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  53.74 
 
 		 283 aa  278  8e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  56.49 
 
 		 284 aa  276  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  53.28 
 
 		 283 aa  276  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  56.72 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  56.09 
 
 		 285 aa  273  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  51.55 
 
 		 290 aa  217  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  46.13 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  43.48 
 
 		 687 aa  190  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  37.92 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  36.97 
 
 		 278 aa  142  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  35.74 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  36.92 
 
 		 277 aa  136  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  35.58 
 
 		 288 aa  136  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  31.85 
 
 		 277 aa  129  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  33.7 
 
 		 280 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  35.47 
 
 		 278 aa  125  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  32.73 
 
 		 280 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  34.98 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  34.08 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.58 
 
 		 281 aa  115  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  30.71 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.71 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.51 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.46 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  30.33 
 
 		 268 aa  113  3e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  38.69 
 
 		 279 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  34.01 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  30.33 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  31.28 
 
 		 310 aa  105  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  36.96 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  39.2 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  35.19 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  32.23 
 
 		 281 aa  102  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  29.1 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.78 
 
 		 316 aa  99.4  6e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.1 
 
 		 287 aa  99  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  31.99 
 
 		 338 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  36.19 
 
 		 324 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  34.85 
 
 		 276 aa  95.9  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  30.77 
 
 		 316 aa  95.9  7e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  36.02 
 
 		 361 aa  95.5  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  28.51 
 
 		 309 aa  94  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  28.23 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  31.39 
 
 		 310 aa  93.6  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  31.98 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  31.39 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  34.02 
 
 		 284 aa  93.6  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  31.19 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  38.2 
 
 		 287 aa  92.8  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  33.2 
 
 		 302 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  36.52 
 
 		 312 aa  93.2  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  26.87 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  33.9 
 
 		 286 aa  92  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  29.08 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  33.03 
 
 		 333 aa  91.3  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  36.42 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  30.28 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  35.38 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  29.54 
 
 		 308 aa  90.5  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  36.52 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  31.07 
 
 		 325 aa  90.1  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  32.35 
 
 		 273 aa  90.1  4e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  34.3 
 
 		 342 aa  89  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  35.12 
 
 		 337 aa  89  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  30 
 
 		 313 aa  87  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  34.97 
 
 		 280 aa  87.4  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  28.4 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  29.66 
 
 		 312 aa  85.9  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  35.53 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  33.68 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>