More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5716 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 300 aa  587  1e-167  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  77.97 
 
 		 304 aa  423  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  55.76 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  58.45 
 
 		 288 aa  289  3e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  57.14 
 
 		 287 aa  278  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  53.68 
 
 		 302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.12 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  37.18 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  34.59 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  33.6 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  33.45 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  34.8 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  34.6 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  37.23 
 
 		 310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  35.15 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.34 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  34.34 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  35.4 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  38.92 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  38.92 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  34.44 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  32.35 
 
 		 302 aa  126  6e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  33.33 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  33.21 
 
 		 285 aa  125  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  31.39 
 
 		 277 aa  125  9e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  35.74 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  37.92 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  30.88 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  32.04 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  36.04 
 
 		 337 aa  123  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  32.7 
 
 		 278 aa  123  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  33.98 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  34.92 
 
 		 288 aa  123  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  34.62 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  31.51 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  32.78 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  36.47 
 
 		 337 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  35.71 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  31.6 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  32.85 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  37.01 
 
 		 687 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  32.76 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  30.51 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  30.38 
 
 		 312 aa  119  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  37.44 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  29.23 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.52 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  30.3 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  30.1 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  35.42 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  32.18 
 
 		 310 aa  116  5e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  39.29 
 
 		 331 aa  116  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  33.83 
 
 		 293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.21 
 
 		 280 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  34.85 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  32.78 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  36.76 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  35.59 
 
 		 283 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  39.55 
 
 		 279 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  32.4 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  34.33 
 
 		 281 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  31 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  32.95 
 
 		 278 aa  109  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  34.76 
 
 		 279 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  32.98 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  34.58 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  34.38 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  32.38 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  32.58 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  34.01 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2584  squalene/phytoene synthase  26.3 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2638  squalene/phytoene synthase  26.3 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.444406  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  36.87 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  35.45 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  33.71 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  38.98 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  38.81 
 
 		 357 aa  103  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  35.19 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  33.66 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  38.2 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.99 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  35.85 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  33.73 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  37.5 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  39.2 
 
 		 379 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  32.83 
 
 		 282 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  37.02 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  30.55 
 
 		 273 aa  102  6e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  35.19 
 
 		 282 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  31.38 
 
 		 312 aa  102  7e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  31.32 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  26.86 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  31.29 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  37.99 
 
 		 279 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  33.66 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  35 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  34.76 
 
 		 344 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  38.51 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  39.77 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>