More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3241 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  100 
 
 		 294 aa  580  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  60.84 
 
 		 279 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  58.3 
 
 		 285 aa  301  8.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  56.78 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  60.46 
 
 		 283 aa  297  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  56.78 
 
 		 286 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  56.78 
 
 		 344 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  57.03 
 
 		 279 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  55.51 
 
 		 278 aa  294  1e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  57.99 
 
 		 282 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  53.69 
 
 		 397 aa  293  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  57.99 
 
 		 282 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  57.99 
 
 		 282 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  57.99 
 
 		 275 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  56.41 
 
 		 282 aa  292  4e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  56.65 
 
 		 279 aa  292  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  57.99 
 
 		 282 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  58.85 
 
 		 278 aa  292  4e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  57.99 
 
 		 282 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  56.04 
 
 		 282 aa  290  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  55.89 
 
 		 279 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  55.68 
 
 		 282 aa  290  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  54.18 
 
 		 279 aa  289  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  55.68 
 
 		 282 aa  289  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  56.51 
 
 		 306 aa  288  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  56.88 
 
 		 282 aa  288  8e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  59.32 
 
 		 284 aa  286  4e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  54.01 
 
 		 283 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  55.51 
 
 		 283 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  54.65 
 
 		 282 aa  277  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  55.19 
 
 		 283 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  54.81 
 
 		 283 aa  273  3e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  55.38 
 
 		 290 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  56.78 
 
 		 301 aa  265  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  54.72 
 
 		 290 aa  238  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  47.84 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  44.37 
 
 		 687 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  37.7 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  35.98 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  38.17 
 
 		 285 aa  157  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  37.05 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  37.45 
 
 		 280 aa  151  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  34.38 
 
 		 277 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  39.27 
 
 		 288 aa  144  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  33.83 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  33.71 
 
 		 278 aa  132  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  32.08 
 
 		 268 aa  130  3e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  33.71 
 
 		 279 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  33.59 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  32.09 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.44 
 
 		 280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.07 
 
 		 281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  32.55 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.16 
 
 		 279 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  31.25 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  31.85 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  37.05 
 
 		 289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  36.19 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  35.53 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  28.9 
 
 		 286 aa  116  6e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  40.11 
 
 		 324 aa  115  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  32.61 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  29.93 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  33.59 
 
 		 281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.85 
 
 		 287 aa  113  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  33.21 
 
 		 302 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  36.82 
 
 		 276 aa  112  9e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.43 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  31.52 
 
 		 310 aa  108  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  39.43 
 
 		 286 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  33.09 
 
 		 333 aa  108  8.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  36.55 
 
 		 287 aa  108  9.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  29.75 
 
 		 310 aa  108  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  29.52 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  27.74 
 
 		 310 aa  105  7e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  34.01 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  29.74 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  29.31 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  36.32 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  27.37 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  28.94 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  29.59 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  29.59 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  36.79 
 
 		 342 aa  101  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  29.74 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  27.59 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.22 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  27.05 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  39.15 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  29.88 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  28.48 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  29.88 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  38.83 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  32.72 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  26.79 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  38.8 
 
 		 337 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  32.42 
 
 		 273 aa  96.3  5e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  33.09 
 
 		 505 aa  95.9  6e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  24.72 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>