233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1652 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1652  putative phytoene synthase protein  100 
 
 		 290 aa  580  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.665297 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1565  squalene synthase HpnD  90.61 
 
 		 277 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0179833  normal  0.166486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1894  squalene synthase HpnD  89.53 
 
 		 277 aa  507  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635436  normal  0.151415 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  48.94 
 
 		 293 aa  280  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  51.03 
 
 		 302 aa  276  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  50.18 
 
 		 278 aa  275  6e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  50.73 
 
 		 279 aa  274  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  49.64 
 
 		 279 aa  268  8e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  47.81 
 
 		 280 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  49.27 
 
 		 279 aa  266  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  48.74 
 
 		 277 aa  266  4e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  50.72 
 
 		 276 aa  264  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  46.57 
 
 		 277 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  49.27 
 
 		 279 aa  257  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  51.93 
 
 		 287 aa  257  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  45 
 
 		 280 aa  255  5e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  49.27 
 
 		 281 aa  249  6e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  49.09 
 
 		 286 aa  248  7e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  46.18 
 
 		 280 aa  244  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  44.2 
 
 		 285 aa  240  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1958  squalene synthase HpnD  47.2 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340477  normal  0.450684 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  43.32 
 
 		 278 aa  238  9e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5245  squalene/phytoene synthase  47.74 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6145  squalene/phytoene synthase  47.52 
 
 		 300 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1934  squalene/phytoene synthase  47.52 
 
 		 300 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1883  Squalene/phytoene synthase  46.07 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0657917 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  42.86 
 
 		 293 aa  229  6e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2303  putative phytoene synthase  43.57 
 
 		 284 aa  227  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244566  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1482  phytoene synthase, putative  46.57 
 
 		 307 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135853  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2502  phytoene synthase, putative  46.57 
 
 		 307 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  46.72 
 
 		 278 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  46.72 
 
 		 278 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  46.72 
 
 		 278 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2347  putative phytoene synthase  46.38 
 
 		 280 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2389  putative phytoene synthase  46.38 
 
 		 280 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1006  squalene/phytoene synthase  44.85 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109233  normal  0.62289 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2098  phytoene synthase, putative  46.72 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.389143  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1922  squalene/phytoene synthase  48.08 
 
 		 303 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1337  squalene synthase HpnD  47.72 
 
 		 352 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00058937 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  40.58 
 
 		 286 aa  217  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1849  squalene synthase HpnD  48.73 
 
 		 277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.775732  hitchhiker  0.00598695 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  43.07 
 
 		 281 aa  205  6e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  39.78 
 
 		 284 aa  171  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  33.46 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  28.36 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  26.24 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  26.94 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  25.8 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  26.34 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  26.34 
 
 		 268 aa  110  3e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  25.1 
 
 		 310 aa  108  7.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  34.82 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  27.47 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  26.28 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  24.81 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  26.21 
 
 		 310 aa  103  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  26.6 
 
 		 310 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  26.26 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  24.83 
 
 		 310 aa  101  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  23.66 
 
 		 293 aa  99.4  6e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  25.86 
 
 		 312 aa  99  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  25.47 
 
 		 273 aa  97.4  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  25.18 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  30.18 
 
 		 337 aa  96.7  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  32.32 
 
 		 276 aa  96.3  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.63 
 
 		 324 aa  95.9  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  30.58 
 
 		 337 aa  95.9  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  30.15 
 
 		 310 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  31.3 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  24.74 
 
 		 325 aa  90.5  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  27.17 
 
 		 293 aa  90.1  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  26.91 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  28.35 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1548  squalene/phytoene synthase  27.34 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  30.86 
 
 		 303 aa  86.7  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  29.18 
 
 		 280 aa  87  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  28.79 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  25.93 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  28.85 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  26.52 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  26.55 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  24.73 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  24.1 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  23.97 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  23.22 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  28.24 
 
 		 687 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  23.25 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  25.09 
 
 		 313 aa  79  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  22.85 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  22.85 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  28.91 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  26.04 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  30.15 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  29.77 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  27.56 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  22.56 
 
 		 302 aa  72.4  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  24.9 
 
 		 291 aa  72  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  29.72 
 
 		 339 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  30.91 
 
 		 505 aa  70.9  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  25.75 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>