264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2245 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 323 aa  668    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  53.41 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  42.05 
 
 		 291 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  40.74 
 
 		 292 aa  199  7.999999999999999e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  41.33 
 
 		 282 aa  196  6e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  37.8 
 
 		 357 aa  192  5e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  39.29 
 
 		 269 aa  192  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  39.1 
 
 		 291 aa  192  9e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  41.44 
 
 		 281 aa  188  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  39.46 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  38.38 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  36.08 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  37.41 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  36.56 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  36.47 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  33.11 
 
 		 345 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  36.59 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  32.49 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  37.28 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  32.13 
 
 		 288 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  37.14 
 
 		 276 aa  149  8e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  38.43 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  35.27 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  36.43 
 
 		 276 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  31.6 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  34.42 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  33.72 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  34.18 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  31.54 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  28.32 
 
 		 310 aa  133  5e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  32.89 
 
 		 278 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  33.33 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  29.9 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  30.14 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  29.55 
 
 		 310 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  28.07 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  28.3 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  28.98 
 
 		 310 aa  127  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  34.57 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  30.48 
 
 		 279 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  28.62 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  29.37 
 
 		 279 aa  122  8e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  28.97 
 
 		 311 aa  122  8e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  31.08 
 
 		 313 aa  122  8e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.37 
 
 		 279 aa  122  8e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  31.4 
 
 		 331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  29.73 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  29.04 
 
 		 277 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  31.32 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  29.01 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.25 
 
 		 280 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  29.83 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  29.86 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  29.48 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  30.34 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 311 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  28.15 
 
 		 280 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  29.01 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  27.43 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  29.84 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  28.17 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  29.31 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  29.49 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  29.31 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  30.13 
 
 		 278 aa  113  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  29.66 
 
 		 302 aa  113  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  31.23 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  28.62 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  28.67 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.88 
 
 		 281 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  28.74 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  28.74 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  27.74 
 
 		 285 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  27.67 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  29.08 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  28.04 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  32.38 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  26.43 
 
 		 339 aa  106  6e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  27.82 
 
 		 298 aa  106  6e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  28.21 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  30.03 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  29.44 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  30.47 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  29.35 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.11 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  28.21 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  28.63 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  28 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  29.66 
 
 		 281 aa  102  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  30.24 
 
 		 310 aa  102  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  28.9 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  34.78 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  25.72 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  30.25 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  29 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  28.74 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  28.34 
 
 		 292 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  29.44 
 
 		 321 aa  99.8  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  29.48 
 
 		 292 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>