248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2961 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 297 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  83.39 
 
 		 296 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  61.9 
 
 		 285 aa  306  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  63.47 
 
 		 276 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  57.59 
 
 		 294 aa  297  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  60.14 
 
 		 345 aa  297  1e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  59.51 
 
 		 296 aa  291  8e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  59.51 
 
 		 296 aa  291  1e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  60.4 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  57.79 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  56.57 
 
 		 276 aa  269  2.9999999999999997e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  55.47 
 
 		 282 aa  265  8.999999999999999e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  52.03 
 
 		 269 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  48.88 
 
 		 281 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  42.56 
 
 		 291 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  43.01 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  43.33 
 
 		 288 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  46.47 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  42.06 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  41.26 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  39.22 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  36.47 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  36.33 
 
 		 310 aa  149  8e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  37.01 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  38 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  35.27 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  35.2 
 
 		 357 aa  129  7.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  33.47 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  43.45 
 
 		 298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  42.46 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  40.64 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  40.54 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  43.1 
 
 		 291 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  41.76 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  40.11 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  36.15 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  43.01 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  37.18 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  36.51 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  29.37 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  31.27 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  37.37 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  39.89 
 
 		 292 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  33.47 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  32.51 
 
 		 292 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  36.4 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  32.23 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  35.24 
 
 		 317 aa  98.2  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  29.52 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  33.74 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  30.37 
 
 		 283 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  31.35 
 
 		 282 aa  96.7  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  28.97 
 
 		 280 aa  95.9  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  32.48 
 
 		 287 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  29.52 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  27.68 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  29.52 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  29.52 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  29.75 
 
 		 279 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 277 aa  89.7  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  30.92 
 
 		 278 aa  89.4  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  26.64 
 
 		 318 aa  89.4  7e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  32.82 
 
 		 575 aa  88.2  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  23.37 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  28.52 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  36.57 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  24.63 
 
 		 310 aa  87  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.95 
 
 		 280 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  27.17 
 
 		 332 aa  86.3  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  34.39 
 
 		 321 aa  86.3  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  29.92 
 
 		 283 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  28.83 
 
 		 279 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  29.67 
 
 		 277 aa  85.9  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  24.71 
 
 		 313 aa  85.5  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  27.01 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  27.9 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  30.35 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.2 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  29.5 
 
 		 505 aa  84.7  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  28.1 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  24.14 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  36.59 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  29.48 
 
 		 337 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  26.69 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  32.12 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  26.57 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  30.29 
 
 		 330 aa  82  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  31.01 
 
 		 355 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  29.41 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  26.2 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  35.23 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  28.57 
 
 		 276 aa  81.3  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  30.35 
 
 		 355 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  32.14 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  29.63 
 
 		 277 aa  80.5  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  27.14 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  27.88 
 
 		 361 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>