203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1717 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 292 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  77.4 
 
 		 292 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  76.71 
 
 		 292 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  74.66 
 
 		 292 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  76.47 
 
 		 292 aa  448  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  75.43 
 
 		 292 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  71.97 
 
 		 292 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  56.64 
 
 		 298 aa  300  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  52.58 
 
 		 299 aa  290  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  52.23 
 
 		 299 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  58.53 
 
 		 294 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  58.53 
 
 		 294 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  52.33 
 
 		 299 aa  286  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  53.01 
 
 		 298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  51.7 
 
 		 291 aa  273  3e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  43.8 
 
 		 278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  45.02 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  43.24 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  37 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  38.27 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  36.61 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  33.33 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  36.17 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  35.68 
 
 		 291 aa  108  9.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  32.23 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  31.94 
 
 		 269 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  39.89 
 
 		 297 aa  105  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  39.55 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  35.71 
 
 		 307 aa  103  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  37.88 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  34.96 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  28.34 
 
 		 323 aa  99.8  5e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  37.7 
 
 		 345 aa  99  9e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  34.45 
 
 		 379 aa  97.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  32.22 
 
 		 310 aa  95.5  9e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  36.67 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  36.41 
 
 		 276 aa  89.7  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  35.96 
 
 		 309 aa  86.7  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  35 
 
 		 357 aa  86.3  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  38.22 
 
 		 294 aa  85.9  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  34.38 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  29.05 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  34.97 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  29.3 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  35.12 
 
 		 276 aa  79.7  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  36.26 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  37.06 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  36.55 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  32.07 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  27.6 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  28.7 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  32.24 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  32.37 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  30.26 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  31.98 
 
 		 325 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  24.9 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  29.03 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  26.72 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  30.73 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  34.5 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  28.9 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  30.98 
 
 		 331 aa  68.9  0.00000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  26.55 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  32.98 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  26.86 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  26.97 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  32.34 
 
 		 288 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  34.66 
 
 		 287 aa  67  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  27.63 
 
 		 310 aa  67  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  28.57 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  31.14 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  25.35 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  32.48 
 
 		 364 aa  65.1  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  27.8 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  31.9 
 
 		 361 aa  63.9  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  24.42 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  34.08 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  25.45 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  26.4 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  29.78 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.67 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  27.67 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  28.77 
 
 		 332 aa  62.8  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  28.87 
 
 		 316 aa  62.4  0.000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.16 
 
 		 280 aa  62.4  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  29.1 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  27.54 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  26.42 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  28.18 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  32.42 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  25.56 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  26.5 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  26.8 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  28.84 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  26.24 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  26.94 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  27.54 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  29 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  26.58 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  28 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>